公費流感疫苗接種引起很大的民怨，有些專家學者認為這次衛福部誤判情勢，像是齊頭式開打，沒有像以前是分階段開打，導致高風險族群反而打不到，另一方面，疫苗採購量沒有超前部署，在上半年多加購一些，已經錯失了能加購的關鍵期，而如果未來新冠肺炎疫情和流感一起大爆發，病患大增，醫療能量可能會難以負荷。
才剛過8點，健康服務中心就不少民眾坐著等待，這對老夫妻排第三、第四位，7點就來排隊，一個是自己要打，另一個。
民眾陳先生：「孫子住淡水，那我們(排隊)，他們帶過來，所以說他要帶過來的時候，我們先(先排隊)，先排隊，他等下就過來。」
現場也看到很多家長帶小孩來打流感疫苗，只能先請個假，打完再趕去上班，把小孩送到幼兒園去。
民眾林小姐：「我本來是在醫院上班，可是因為現在(醫院)疫苗就是，3歲以下也沒有貨了，所以本來也不知道要去哪裡打，然後後來我是看到那個政府(LINE)公告的資訊，他傳LINE(推播)，就是這個，就是公費流感哪裡打。」
護理師：「(號碼牌)發完之後，我們先第一排去那邊掛號，掛完號之後，我們回來這邊坐。」
8點半一到開始發號碼牌，9點多就把上午的50劑疫苗量發的差不多，沒拿到的，只能等下午另外50劑的「扣達」，開兩個門診，分流成人和小孩施打，為了讓平常要上班的爸媽別那麼辛苦，台北市聯合醫院的院外門診部，從10月24日開始，加開週六上午嬰幼兒疫苗診，每診提供100劑疫苗，全數提供給嬰幼兒施打，北市聯合醫院副總院長璩大成，希望民眾多多體諒第一線同仁，假日也是加班來幫大家打，而這一次外界批疾管署錯估情勢，沒有提早加購疫苗，璩大成這麼說。
台北市聯合醫院副總院長璩大成：「(今年在這個疫苗的量上面會覺得有一點誤判嗎?)這個我答起來比較...這樣我是以我個人的身分，來回應您這個問題，因為這個事情，我一直是施作者，就是我們必須要執行這個任務，不過老實說，我們也做得很辛苦，每一年拜託各位打，大家也打得這樣子，不是怎麼很熱烈，那然後發生了一些事情，大家又跑進來打，這個實在是很難估。」
璩大成幫中央緩頰，其實上半年4、5月時，前疾管局長蘇益仁，得知中央流感疫苗按照2019年的數量編列預算，採購量一樣是差不多600多萬劑，沒有因為疫情增加採購，就提出示警，而這回流感疫苗；也沒有比照之前實施的分階段接種，導致壓縮到原本就該優先施打的高風險族群。
想要再加購，已經幾乎是不可能，而之前衛福部長陳時中強調，疫苗政策目標本來就不是讓每個人都施打，只要達到25%的覆蓋，建立群體免疫效果，希望大家優先讓高風險族群，像是老人、小孩施打。
長庚兒童感染科教授級主治醫師黃玉成：「群體免疫要大概67%，三分之二的人打到，才會有效，但是我剛剛說過這個R0值，其實可以用人為來控制，我們剛剛，現在的戴口罩，我們的social distance，就是社交距離，其實你把它(R0值)降到1以下，在台灣，所以台灣一直都沒有流行啊。」
台大兒童醫院院長黃立民：「百分之二十幾的接種率，是沒辦法達到群體免疫的，百分之二十幾的人打疫苗，不可能百分之二十幾的人都產生保護力，因為這個疫苗是有，它有個成功率的，一般來講，流感疫苗的成功率大概是六、七成。」
台大兒童醫院院長黃立民直說，25%的民眾接種，恐怕是不夠的，2020冬天挑戰很大，不只流感，還有新冠肺炎要防範，大家都不能大意。
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