受到疫情影響，原料藥出口國印度和大陸供應不順，讓台灣出現前所未有的缺藥危機，食藥署的藥品資訊供應平台顯示，截至3月底，國內通報缺藥的件數已經破百，包括肺炎鏈球菌自費疫苗、癲癇、利尿劑等用藥都告急，雖然經過食藥署嚴格認定，有替代藥物的就不算缺藥，但社區藥局和基層診所都坦言，缺藥的狀況愈來愈嚴重，解決供需失衡是政府當務之急。
食藥署藥品組簡任技正潘香櫻：「從藥商這邊的通報的話，除了我們一直在說的就是有一個治療，甲狀腺的藥可能可以供應到8、9月這樣子，那其他沒有沒有說有缺藥的通報。」
食藥署的認知，顯然跟基層差很大，光看政府藥品資訊供應平台，以往每個月頂多1到2件缺藥通報，現在截至3月底，喊缺的藥物超過上百款，包括肺炎鏈球菌自費疫苗、治痛錠、癲癇、利尿劑、降血壓藥、甲狀腺用藥等等，這波缺藥危機前所未見。
藥師打開網路採購平台，有些原廠藥、台廠學名藥，都顯示零庫存，有錢也買不到，專看耳鼻喉科、慢性病跟小兒科的診所醫師指出，常見的降血壓藥脈優和甲狀腺藥物已經告急，雖然可用替代藥物，但實際執行有難度。
醫師王曜庭：「醫院的處方箋然後上面做，有的是直接印在藥袋上面，有的時候會蓋一個章寫說，不可以用其他同品項或同劑型的藥去更換，那我們在給藥上面就會有一些困擾存在，同成分同劑型同樣的劑量，我們給病人用之後，有時候病人會有一些存疑，所以雖然說食藥署說都差不多，但是要考慮到病人的感受。」
藥師沈采穎：「我那時候大概是叫了十盒結果只來了一盒，那就是來了一盒之後就是配了一個病人，只剩兩排那大概再一個病人就沒有藥了。」
治療免疫系統、類風濕關節炎和紅斑性狼瘡的奎寧只剩這一些，另外甲狀腺藥物也只剩100多顆，5月還不見得能到貨，對照食藥署說的不缺藥，基層藥師認為，癥結出在供需失衡。
藥師沈采穎：「你要去做一個供需平衡的問題嘛，那不是說政府只是說沒有缺藥有庫存，那問題是說藥在哪裡呢，現在疫情這麼緊張，(診所跟大醫院供藥)至少要五五比，甚至未來如果更嚴峻的狀況下，甚至可能是要社區藥局七；醫院三。」
很多人不敢往大醫院跑，社區健保藥局藥物需求量變大，但供應比例仍無法靈活調度，另外礙於現行法規，只要醫院處方箋加註藥品不可替代，即使同成分、同劑型、同含量的藥都不能調整，因此健保署發布的公文再次強調，醫師處方如果註明不可替代，藥師必須通知原處方醫師、請其更換，否則不得任意更動，讓藥師很頭大。
藥師沈采穎：「我們要用同成分替代我們必須，還要打電話給醫生那你想想，大醫院醫生看診是每一天嗎不是，我們怎麼樣去找那個醫生，民眾他同意而且在藥師的一個專業下，居然政府不認同就是說我們用同成分替代，必須一定要依照醫院說不可替代的這個品牌。」
防疫指揮官陳時中：「如果就是說這個醫療院所，醫療院所可以這樣子儲備藥物的地方，如果超過三個月的用量，那我們就先不供應那每一次供應的時候，就不能超過他去年同時期加10%的量。」
食藥署認定，國內只有一種治療甲狀腺亢進藥物斷料，但防疫指揮官陳時中坦言，個別藥品確實有缺，除了等待原料藥出口國儘快恢復供貨外，也只能靠靈活調控、加速引進替代藥，盡力度過危機。
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