航空機組員因為有14天豁免權，所以返國後只需檢疫5天，途中還能買菜、接小孩。不少人認為，這有可能會造成防疫破口。交通部長林佳龍也怒批，違反規定絕對嚴懲。但才隔一天，民航局就馬上修正健康管控條例。要求貨機組員三天、客機五天都必須落實居家檢疫，不得再因為任何原因外出或是工作。
航空屬於特殊行業，可免於14天居家檢疫豁免條款，原本返國入境後只需要居家檢疫五天，過程中還能買菜、接小孩，甚至遇上臨時航班也能派飛。但不少人質疑，頻繁接觸人群的機組員恐怕就此成為防疫破口，終於民航局說話了。
修正國籍航空機組員健康管控條例，貨機組員三天，客機則是五天，都不得派飛外出，必須做足居家檢疫。而在這14天的期限內，非公務、非必要也都得接受管控。
勞動部政務次長劉士豪：「這個班機已經大量減少了，所以他們休息的時間來講的話，可能可以比五天更多，這個是他們，可以，根據他們航班需求去做調配，我們並沒有去強制說他一定非得14天，或一定必須要在5天休完。」
勞動部多次強調無法強行要求，航空公司配合縮減人力、減少航班，只希望大家團結抗疫。畢竟疫情延燒至今，已經有多達4名機組員中標。
交通部長林佳龍(2020/3/26)：「再有類似執行不周產生的缺失，民航局一定會強力的加以要求或處罰。」
一天前，交通部長林佳龍才怒批絕對嚴懲，一天後，民航局就馬上修正條例，這不是針對，而是擔心辛苦的機組員因為工作沒了健康，如今也希望從業人員能配合遵守，否則也是會祭出重罰。
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