日本東京羽田機場撞機事故，讓今天(4日)日本國內線仍有約160個航班取消，其他班機也大幅誤點，影響約2萬8千人。這回日航班機全員生還，兩大關鍵就是機組員訓練有素，以及乘客相對鎮定。日本政府也公布當時塔台通話紀錄，顯示5死1重傷的海上保安廳飛機，並未取得進入跑道的許可；而塔台和日航班機也沒有發現誤闖跑道的保安廳飛機。調查也發現，當時保安廳飛機停在跑道上約40秒，專家指出，日航飛行員應有一定的時間避免事故發生，但也有可能因為一直停在跑道上，反而很難發現。
元月2日傍晚，載著379人的日航客機撞上日本海上保安廳飛機，到底意外是怎麼發生？又為什麼會發生？日本國土交通省公布，當時塔台飛航管制員和兩架飛機的通話紀錄，試圖釐清事故經過和原因。
日本國土交通大臣 齊藤鐵夫：「我們提出客觀的資料，往後將全面與運輸安全委員會調查合作，以期確保安全對策，防止事故再次發生。」
透過羽田機場的攝影機可以看到，事故發生前，紅色圈起的保安廳飛機，滑行後停在C跑道附近約40秒，隨後日航516號班機就降落撞上、起火燃燒。根據塔台紀錄，關鍵就是日本時間傍晚5點43分到47分之間；5點43分，C跑道管制員對日航班機指示，繼續進入跑道，並告知有出發班機；約兩分鐘後，表示降落沒有問題。
日航516班機：「許可降落跑道34R，JAL516。」
5點45分，事故發生兩分鐘前，管制員對保安廳飛機指示，滑行到C5滑行道上的等待位置。
飛航管制員：「JA722A，東京塔台，晚安，第一架，請滑行到等待位置C5。」
保安廳的機長也複述了塔台指示，但之後到事故發生的5點47分，沒有紀錄顯示管制員給保安廳飛機，進入跑道的許可。根據通話紀錄，塔台和日航都沒有執行重飛的相關對話，顯示雙方都沒有發現誤闖跑道的保安廳飛機；日航三名飛行員事後也都表示，進入跑道時，目視沒有確認到保安廳飛機；海上保安廳的機長則向警視廳供稱，突然發現機體後面起火。
日航516班機乘客：「好像撞到什麼，讓人感覺強烈撞擊的聲響，從機窗可以看到火花、起火燃燒的樣子，大家都陷入恐慌，心臟撲通撲通跳超快，想說搞不好要死了。想說大概不行了。」
另外外媒包括美國CNN、ABC、英國BBC都紛紛報導，根據當地航空部門12月底的「飛行任務通知」，羽田機場跑道停止線警戒燈已經故障多天，但無法確定與事故有關；專家也指出，就算跑道燈故障，現場還有其他可識別標誌。
CNN主播 奎斯特：「我要提的一件事就是，在這樣的事件中，永遠都是一個章節的事件和意外，從來沒有單一一件事導致，就像骨牌、疊疊樂，隨你怎麼說，只要每項一點點，就會導致整個崩塌，就是我們現在看到的。」
不過這次不幸中的大幸，就是日航機組員訓練有素，以及乘客沒有太過恐慌兩大關鍵，讓近400人在18分鐘內成功疏散。根據日航，客機在下午5點47分撞上保安廳飛機後起火，但滑行1公里後停下來時，駕駛艙並不知道發生火災，但其他機組員都有發現，客艙負責人立刻報告駕駛艙，並從最前方兩個緊急出口開始疏散乘客；但剩下的六個出口當中，五個附近都有火光，唯一可逃生的是飛機最後方左側出口，但機上通話系統故障，機組員於是自行判斷，打開緊急出口疏散；最後一位下機的是機長，時間是6點05分。目前日本運輸安全委員會調查官已經找到保安廳飛機的黑盒子，但日航的黑盒子尚未尋獲。
運輸安全委員會航空事故調查官 藤原琢也：「接下來會把黑盒子帶回事務所，看裡面數據是否能讀取，不一定都是可以100%讀取，那些數據是否真的能判讀，是我們接下來的工作。」
據了解，重傷的海上保安廳39歲機長，從2017年2月起就是同型飛機機長，機長年資4年11個月。外界也關注這回日航空中巴士A350班機，是第一批使用碳纖維材料的商用飛機之一，比較能承受最初的碰撞，且阻燃性較高。這次撞機意外日航營業損失估計約150億日圓，相當台幣32億，由航空保險承擔。
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