日本時間2日晚間，東京的羽田機場發生重大撞機意外，一架剛降落的日本航空客機，跟一架運送救災物資的海上保安廳飛機相撞，爆炸起火燃燒，客機上379人全部脫困，海保廳飛機則是5人罹難、機長重傷；至於事故為什麼會發生？稍早，日本國土交通省公開通聯記錄，確定塔台下達的指令是適當的，日本警視廳則以業務過失致死嫌疑，展開調查。
NHK記者：「日本航空的機體，除了機翼全部被燒毀，海上保安廳的飛機，已經被燒到面目全非的程度。」
東京羽田機場撞機事故隔天一早，日本警視廳以業務過失致死嫌疑展開調查，派出30人到飛機殘骸現場，進行採樣。
NHK記者：「國家運輸安全委員會也對事故展開正式調查，六名調查官在機體殘骸周遭拍照，並以捲尺一一測量殘骸長度進行調查。」
這起航空事故，發生在日本時間2日晚間六點左右，一架從北海道新千歲機場出發的日本航空516次航班，在降落羽田機場C跑道沒多久後，和一架開進跑道的海上保安廳固定翼飛機相撞，瞬間起火。
日航乘客拍下降落後的驚悚畫面，窗外煙霧瀰漫、冒出火光，濃煙更迅速灌入機內。
NHK記者：「這就是跑道上發生擦撞的地點，根據國土交通省航空局的說明，已經降落的日航飛機，和一架要從羽田機場出發的海上保安廳飛機，在羽田機場的C跑道擦撞，起火燃燒。」
根據日本航空，機上共379名乘客，全數經由逃生滑梯避難平安脫困，當中14人因為撞傷和身體不適接受檢查。另一架海上保安廳飛機的6名機組員，有5人不幸罹難，1名機長生還；當時他們正準備要執行，運送地震救災物資到新潟的任務。
海上保安廳次長 瀨口良夫：「無人能替代的職員失去生命，我感到無比痛心，祈求逝者能夠得到安息，同時由衷向所有家屬致哀。」
日本國土交通省航空局，當晚緊急召開記者會。
日本國土交通省航空局局長 平岡成哲：「讓全體國民擔心了，有關事故詳細原因，將交由運輸安全委員會和相關機構進行調查。」
但面對多個提問，官員以事故極為重大為由，表示不便輕易回應。
NHK記者：「在有飛機要降落的情況下，要起飛的飛機通常都在滑行道上待命，是無法同時使用的，反過來也一樣。」
根據國土交通省相關人士，當時塔台對日航飛機下達進入跑道許可，同時指示海保廳的飛機在跑道外等待，而海保廳機長則理解為，已經取得起飛的許可。
全日空前機長/航空評論員 樋口文男：「通常是不可能發生的，我腦中冒出『為什麼？』，是因為沒有聽從塔台的指示嗎？跑道前都會有停止線，理當要在那條停止線待命，或者是漏聽了『有飛機要降落，請等待』。」
而根據相關人士，身負重傷但意識清楚的機長表示，確實有取得塔台下達起飛的許可，不過航空專家這麼看。
全日空前機長/航空評論員 樋口文男：「例如在進入跑道時，是不是有正降落的飛機，或是已降落的飛機是不是還在跑道上，都可以看得到，不是管制員說好，就能進入，而是依實際情況判斷是否沒問題。」
事發後，羽田機場共四條跑道隨即封閉，一直到當晚九點半，除了C跑道外，其他三條跑道重新開放，並以國際線航班起降為主；當晚則有1106人，在國內線的第一和第二航廈過夜。
由於適逢過完新年的返工潮，羽田機場在3日一早，湧現大批等著搭機返回工作崗位的國內線旅客，合計至少取消100架航班，約影響1萬9千人的出行。
羽田機場旅客：「還不知道搭不搭得上去，我是要回去工作。」
羽田機場旅客：「我是搭今天早上的飛機，一直在看新聞蒐集情報，因為不知道飛航狀況是如何，早上三、四點就起床了。」
羽田機場旅客：「我覺得(飛機)終究是會飛的。」
新千歲機場的航班也受到影響，同樣是旅客大排長龍。
新千歲機場旅客：「我是要到會津出差，突然全部取消，他們說完全沒有機位了。」
羽田機場航班取消數字持續增加，讓不少人轉往成田機場搭機，或是改搭路面的新幹線，新幹線在撞機事故發生後，加開臨時列車因應，但3日一早的東京車站也是擁擠混亂。
從宮崎縣回東京的乘客：「今天早上能搭到新幹線回來，真是太好了。」
往市區方向，包括東海道新幹線對號座位幾乎客滿，上越新幹線自由座的搭乘率，則達到130%。
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