環保署為改善全國水環境，整合地方政府及各部會資源，營造河川亮點，積極推動前瞻基礎建設-全國水環境改善計畫。106至今已補助地方政府97項計畫約19億元，未來包括桃園南崁溪、臺中柳川及綠川、彰化鹿港溪及台南市竹溪等河川，藉由水質改善及優質水環境營造而改頭換面後，可望成為縣市政府及民眾的驕傲新典範。
環保署說明，該署負責全國水環境計畫部分主要以河川水質改善為主，故針對下水道未到達或短期未能完成家戶污水接管下水道之區域且河川水質呈現中度污染以上河段，補助縣市政府設置自然水質淨化工程，例如人工溼地及礫間接觸氧化工程等，再截流生活雜排水進入現地場址處理後排回河川水體，不僅可淨化河川水質，且提供河川長期且潔淨的基流量，對河川生態保育亦有間接幫助。
環保署強調，全國水環境計畫雖然著重水環境營造，不過若河川沒有好的水質，就算水岸環境營造再亮麗，依然無法吸引民眾親水，所以在進行水體環境改善前，水質改善絕對是地方政府首要任務，也需要其他部會共同努力。
環保署補助地方政府發包計畫執行過程，其實不如外界想像容易，需經過重重關卡及與地方政府緊密合作，如地方政府確認本署同意補助後，須先申請議會同意納入預算或議會墊付等行政程序，估計就需要1至3個月時間。而後各項工程計畫，尚須先完成規劃、基本設計、細部設計、細部設計核定後公告工程上網招標及施工等程序，又需耗時1年半至兩年時間。
為協助地方政府於執行階段相互學習與經驗分享，該署經常現勘指導地方政府，並邀集地方政府進行報告及討論。並為交流整治經驗，該署亦於日前辦理全國環境現地處理技術交流會議，邀集水利、土木及環工技師、技術顧問公司、施工廠商及地方政府人員，就全國河川污染整治情形、現地處理規劃設計、施工品質與查核、綠川及竹溪整治經驗進行分享，共同努力以達成執行目標，更希望全國河川能早日達成全數脫離嚴重污染目標。
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