有關健保財務部分，自健保開辦以來，隨人口老化，醫療需求增加，自87年起健保財務開始出現短絀，健保署積極推動各項開源節流措施，其後於99年4月進行費率調整，由4.55%調整為5.17%，102年二代健保實施後，擴大費基計收補充保險費，以及政府總負擔比率提高為36%等財源挹注，健保財務逐漸趨穩，但102年費率由5.17%降為4.91%，復於105年再調降至4.69%，開始出現入不敷出。110年因預估年底安全準備將不足1個月保險給付支出之最低法定標準，爰費率調整為5.17%，歷年健保財務收支情形如附件。
近年政府對健保財務有三大挹注，一是因111年經濟復甦，補充保費收入比原來預估較佳有結餘，二是112年撥補240億健保基金已編入預算，三則是目前立法院「疫後強化經濟與社會韌性及全民共享經濟成果特別條例」再撥補200億，因此在113年年底前，健保仍有1個月以上的法定安全準備金，預期於113年前可不調整費率，減輕民眾負擔。
此外，健保署亦致力於推動各項節流政策，最為重要為「總額支付制度」，自91年起全面實施總額支付制度，從92年的3,762億元成長至112年8,364億元，將每年醫療費用成長控制在5%左右。健保署持續強化各項管理策略，提升品質及效率：推動分級醫療、精進雲端醫療資訊、加強審查與查核機制、減少不必要醫療利用、推動疾病管理、促進院所合作機制、照護服務之銜接、強化自我照護能力、門診高診次就醫個案輔導等，並設定18項管理指標，按季執行追蹤，未來將持續精進方案，滾動調整執行策略及管理指標，以確保健保永續經營。
本次部分負擔新制調整之目的，並非為彌補健保財務缺口，而是透過小幅度負擔調整，引導民眾轉診就醫習慣，讓輕症或慢性病人至基層院所就醫，也讓大型醫院回歸照顧急重難罕的角色。另為避免影響弱勢族群就醫權益，除了法定重大傷病、分娩及山地離島就醫，其他機關補助弱勢群體(低收入戶、3歲以下兒童、榮民、榮眷等)維持免部分負擔外，中低收入戶及身心障礙者，本次藥品部分負擔調整皆不調升。
為使健保穩健經營，健保署將持續檢討保險給付與保險費率，推動各項整合醫療資源有效運用及抑制醫療資源不當耗用之措施，減緩醫療支出成長壓力，確保健保財務平衡。另外也配合衛生福利部研議健保財務改善、穩定藥品供應等相關措施，確保民眾用藥無虞，使健保效益極大化。
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