經過漏夜施工，終於在深夜兩點15分，把第五車移出隧道，但由於列車前後連接處變形，直到上午七點半，才用鐵鍊把車廂和柴油機車頭綁在一起，拖往和仁車站，而接下來的首要任務，就是移出在六車輪胎下的罹難者，搜救人員表示遺體肩膀以下保持完整，台鐵說預計下午開始作業。
太魯閣號第五節車廂，終於在5日凌晨2點15分被移出隧道，但因為車廂變形嚴重，無法順著鐵軌拖拉，搶修人員只好在第五車廂和機車頭之間，放置兩個輪胎當緩衝，然後用鐵鍊五花大綁，在上午7點半左右，開始往和仁車站方向拖離。
但第五車廂，外觀磨損破裂，全是猛力撞擊隧道壁後，留下的痕跡，就連車廂連接處右側，也凹陷一大塊，白色塗裝上沾滿血跡，但其實從4日開始，隧道內就有花蓮縣環保局人員，在做清潔消毒，但接下來更難的工作，是要設法上抬第六車廂。
台鐵代理局長祁文中：「第六節車廂破損情形更為嚴重，所以可能它的作業時間會相對比較長，拖出來之後的隧道內的空間，重新再做整理然後鋪上鋼軌，那銜接的就是想辦法要配合檢察官，來處理遺體移離的事情。」
台鐵說首要任務，就是移出罹難者遺體，看看隧道內部狀況，遺體位置就在，第六車左側的輪胎下方，搜救人員表示，遺體頭部狀況還有待確認，但肩膀以下保持完整。
花蓮消防局特種搜救隊副隊長簡弘丞：「他們(台鐵)會先幫我們在裡面鋪鋼板，然後之後怪手會進場，把那個轉向架拉倒，然後製造我們作業空間，那我們預計在11點多，我們會進場做最後的處理。」
台鐵預計今天下午，配合檢察官作業，設法將遺體移出，如果進度順利，就能繼續把第六節車廂往北拖離隧道，同時隧道南端也要進行，第八節車廂切除接著再接駁帶走，表定五日六日兩天處裡完六車和八車，七日再拖離第七車，希望能盡早清空隧道，進入下一階段搶修搶通工作。
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更新時間：2021/04/05 14:00