台灣拒絕聖火進入，備受爭議，立法院內也議論紛紛。大陸方面表示，已經跟台灣方面協商過，當時台灣是同意路線安排，現在卻拒絕聖火入境，大陸方面感到非常驚訝。而陸委會則指出，在同意聖火入境後，大陸方面一直有矮化台灣、打壓台灣的動作，因此才會轉為拒絕。
陸委會表示，聖火來台事件的第一原則，就是不能「矮化台灣」，這是最高原則，路線可以再商量。之前，台灣同意大陸現在的路線安排，但後來卻不停地遭到大陸打壓、矮化，包括北京奧運主委會之前發言：台灣人民買票，要跟『中國』台北買。
陸委會認為，北京奧運主委會此舉，完全違反1989年，中華奧會秘書長簽的協議：所有台灣的活動名稱，所有奧運團體的名稱，應該是「中華台北」。
另外，大陸安排的路線，是屬於國內路線，包括「台灣」、香港和澳門，這樣的安排，陸委會認為，是非常明顯矮化的舉動，違反最高原則，因此無法接受2008年，奧運聖火來台。
