馬總統正式宣布在法務部下成立廉政署，由各單位政風人員組成，具有調查權，大約2百人，但馬總統到去年都還反對設立廉政署，現在卻贊成，總統說，主要是有7成民調支持；至於成立廉政署，會不會跟現有調查局廉政處疊床架屋或搶績效？總統強調，關鍵在於檢察官如何分工，廉政署的整合，只會使打擊貪瀆的力量更強大。
歷經10幾年爭議，廉政署究竟要設在法務部還是監察院？馬總統正式宣布答案。總統馬英九：「我的決定，就是我們要設廉政署，設在法務部之下，他不調查別的案件，他只調查貪瀆，最多加上賄選。」
廉政署設在法務部下，與調查局廉政處平行，統轄各單位政風人員，但既然早就有政風人員，多個整合機構，不會疊床架屋，或是搶功爭績效嗎？馬英九：「關鍵就在於指揮辦案的檢察官，是不是能夠妥善做好分工合作，要有交叉火網，不能夠有任何死角出現。」
不過，馬總統去年5月接受新加坡媒體專訪，卻認為台灣沒有必要仿效新加坡或香港成立廉政公署，如今不會自打嘴巴嗎？馬英九：「有7成以上的民眾，都希望政府設立專責的肅貪機關，我們國家採取的是大陸法系，跟香港新加坡源出英美法系，本來就不一樣。」
總統多次以激動手勢，加強語氣，就任時設下2年檢討期限，如今軍警司法都傳出重大貪瀆弊案，讓馬總統幾乎沒有拒絕成立的空間。
