日本接連遭受強颱「燕子」和北海道強震襲擊，造成當地交通大亂，關西和新千歲機場一度關閉，大批台灣遊客滯留日本，由於中國大陸駐日領事館曾派大巴接送陸客出機場，而台灣駐日代表處卻毫無作為且態度冷漠，駐日代表謝長廷遭到大批台灣遊客砲轟；據《聯合新聞網》報導，有民進黨人士表示「根本問題出在體制」，由於各辦事處的處長是外交部任命，並非駐外大使，即便謝長廷想管也沒辦法，誰來做都是背黑鍋。
高雄市長候選人陳其邁曾公開要求謝長廷「好好檢討」，不過有民進黨人士出面替謝長廷緩頰，認為日本各辦事處長都是公務員常任文官，考績是外交部所管，在這種情況下，「這些公務員誰管你當駐日代表」，「只要沒被記大過，上級未明確督促交辦，當然沒人要出面當冤大頭」。
綠營人士表示，其實這次最大的問題還是在大阪辦事處長身上，但卻沒有人知道處長是誰，而身為駐日代表的謝長廷根本管不到這麼細，也管不到大阪轄區，綠營人士認為，除非辦事處長改成政務任用，駐外代表有權考核辦事處人員權力，才能權責相符，「否則不管由誰來做都是背黑鍋。」因此經過這次事件後，謝長廷也才會意有所指，說要檢討整個內部流程的運作。
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