新任教育部長吳茂昆才被爆曾在「中國科學院」當過顧問，現在又被爆出曾在大陸一家有「共軍色彩」的科技公司當技術顧問，而且時間點在2004年，也就是他擔任國科會主委時。但對此，吳茂昆強調這完全是「莫須有的指控」。
前總統府副秘書長羅智強：「是有軍方色彩的一個單位，那我的質疑是，這兩個吳茂昆是不是同一個人，那要請新任的教育部長能夠把事情說清楚。」
羅智強說更重要的是，如果這兩個吳茂昆是同一個人，那麼新任教育部長吳茂昆在2004年當時他可是國科會主委。羅智強質疑，一個部長級高官跑到有中共軍方色彩的機關當技術顧問，難道不用查有沒有違法、洩密之嫌？
羅智強：「感覺上好像就是同樣的類似的事情，藍營做了就是罪該萬死，綠營的人做了就是榮華富貴、官運亨通。」
強調事態嚴重，因為準教育部長吳茂昆週四即將就任了，現在卻連環爆出與大陸包括學術單位甚至有軍方色彩的公司當過顧問，羅智強忍不住點名北檢，要不要也該約談一下了。
對此，吳茂昆只發表簡短書面聲明，強調「這完全是莫須有的指控」。
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