吳茂昆爭議多，現在就連東華大學心理系教授也跳出來抨擊，指控他擔任校長時居然有60%上班日請假外出。此外他也購買東華大學旁的「教授村」，但這塊開發案被踢爆將原本一坪200元的地皮炒至1坪10萬，引發爭議。
東華大學心理系教授親上火線痛批前長官，即將上任的教育部長吳茂昆在擔任校長處理學生宿舍長期違規接電，卻是傲慢不聽學生意見。
國立東華大學心理學系教授王純娟：「我聽到的是很傲慢的，學生們怎麼有那麼多的意見。」
國立東華大學心理學系教授王純娟：「他根本很多的時間是請假在外。」
當中2012年多達160天以上的差假，占了整年工作日的66%。2013、2014年的也高達59.4%跟60%，讓教授痛批他根本不打校務放在眼裡。吳茂昆爭議不只這一樁，2016年他跟東華前校長黃文樞再被爆料，在教授村開發部分有利益糾結！
全國教師工會總聯合會理事長張旭政：「卡在一個金錢流向，這個建設公司知道被調查後，大概金流的部分就處於一種停滯的狀況。」
位在東華大學附近的同仁安居計畫住宅爭議最大，前後任校長們疑似兼任建商董監事，將千坪別墅炒地皮，計畫前1坪原本200元變成10萬元，爆漲500倍，目前弊案由監察院調查當中。不論是私設建設公司炒地、或高達60%以上工作日請假在外，吳茂昆過去事跡逐一被挖出，也讓外界對於這名教育部長的適任與否抱持懷疑！
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