行政院公布新任教育部長人選，由前任東華大學校長、中研院士吳茂昆接任，然而他的過往背景卻遭連環爆料！國民黨立委就公布吳茂昆曾經擔任隸屬於中國國務院的中科院顧問，甚至曾經前往北京清華大學講學，要求教育部以「卡管」同一標準處理。
太陽花學運公開力挺學生，還說若為學術自由佔領校長室也OK！時任東華大學校長中研院士吳茂昆確定接任教育部長，然而過往背景爭議不斷。
國民黨立委李彥秀：「中科院是不是屬於大陸的官方單位？」
中國科學院高能物理研究所隸屬於中國國務院，國民黨立委公布網頁資訊，2016年10月公告合作組顧問就包含吳茂昆，2010年中國高等科學技術中心顧問委員，裡面也有時任中研院物研所長的吳茂昆，2015年去北京清華大學演講的照片也被曝光。
國民黨立委林德福：「賴院長，你現在所用的人，你完全就是以是不是主張台獨，作為你的標準。」
國民黨立委質疑，選這樣的教育部長難道就因為他的政治意識形態嗎？因為先前吳茂昆發表的兩國論，強調台灣和大陸是國與國的關係，似乎就和行政院長賴清德看法雷同。
行政院發言人徐國勇：「沒有任陸顧問，我剛剛已經問過他。」
記者：「吳準部長的相關爭議，賴院長本來就知道嗎？還是事後才跟他報告。」
行政院發言人徐國勇：「這些爭議其實報紙都有登過，那也經過相關的澄清了。」
行政院民進黨立委幫忙掛保證，曾被提名諾貝爾獎的教育部長可是難能可見，然而吳茂昆恐怕也是歷屆部長上任前最引發討論的一個。
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