不僅被爆料曾赴大陸開講座，吳茂昆在2014年遭學校教職員踢爆溢領獎學金，當時還遭監察院認定應該要歸還170萬元；此外2016年再被爆出他曾購買東華大學旁的「教授村」，這塊開發案被踢爆，將原本一坪200元的地皮炒至1坪10萬，引發爭議，讓吳茂昆還沒上任就爭議不斷。
不敢期待即將上任的教育部長吳茂昆，全國教師工會早在2014年3度開記者會，指控吳茂昆溢領補助金、教師獎勵金，還涉嫌包庇親信違法兼職。
全國教師工會總聯合會理事長張旭政：「建設利益勾結，包括包庇親信違法兼職的問題，這些都有具體的事實。」
行政院發言人徐國勇(4.16)：「這是他上任東華大學校長之前就已經由東華大學所聘任，所以認為這一點說他擔任校長自肥，我想應該是有所誤會。」
吳茂昆當時提出解釋，認為在就任東華大學校長前幾天就已經被聘認為學講座教授，解釋沒有利用校長職權「自肥」。
全國教師工會總聯合會理事長張旭政：「卡在一個金錢流向，這個建設公司被調查後，目前爭議就似乎處於停滯狀況。」
爭議不只這一樁，2016年他跟東華前校長黃文樞再被爆料有利益糾結，尤其同仁安居計畫住宅、教授村爭議最大，前後任校長們疑似兼任建商董監事，將千坪別墅炒地皮，計畫前1坪原本200元變成10萬元，爆漲500倍，目前弊案由監察院調查當中。
吳茂昆還沒上任，過去包括私設建設公司炒地或溢領教授費逐一被挖出，也讓外界對於這名教育部長的適任與否，抱持懷疑。
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