前教育部長潘文忠14日聲明，因台大校長爭議案請辭，而行政院昨（16日）宣布，中研院院士、東華大學前校長吳茂昆將接任教育部長。但隨著新任教長即將上任，過去諸多爭議也一一浮上檯面。
對此，東華大學諮商與臨床心理系教授王純娟便投書媒體，發表個人看法，表示認識吳茂昆後，夢就醒了。同時質疑，民進黨只能欽點這樣的教育部長？但是，
認識吳茂昆7年的王純娟，在《蘋果日報》發表對這位「新任教長」的看法，她說台灣的教育不堪這樣的人蹂躪一絲一毫，並細數他的作為，如何讓她失望、夢醒！同時她也提出監察院於102年、105年公告的調查報告作為佐證。
王純娟指出，2014年太陽花學運之後，吳茂昆因一句「結果是正面的，就算是攻佔校長室也OK」，聲名大噪。但他在自己的校園內卻爆發，「學生宿舍在校方長期違規接電的情況下，電費計價不公」事件，等到學生們於校慶活動裡抗議、立法委員介入之後，吳茂昆才被迫與台電和學生坐下來談，當時甚至還出言：「那你就不要住宿舍啊！你們要告我，就去告啊！」。
此外，王純娟還說，過去也發生稱原民院只是賠錢貨，而讓東華大學因此惹議。吳茂昆這樣對待與他意見不同的學生與教師，與不能「進帳」的學術單位，只要他當部長一日，民間教育團體將很難找得到溝通大門了。
「同一人左手撥款給右手」，王純娟列舉，曾任國科會主任委員的吳茂昆，補助5億元研究經費予回任中研院物理所所長吳茂昆，「排擠研究資源，影響國內科技研發能量」，致監察院於102年12月17日糾正國科會（糾正案號：102教正23）。
另外，吳茂昆自上任東華校長第一個學期，即於自己擔任會議主席的「學術獎助評審委員會」，提案自加年薪高達近500萬（國立大學校長法定年薪190萬元），會議記錄中可佐，為期至少三年。
對此監察院調查：「吳茂昆校長為該校講座教授，依該校講座設置辦法支領獎助金，並未履行該辦法所定講座教授之授課義務，又另支領頂尖人才獎勵金，違反同辦法不得領取相同性質補助之相關規定，均核有疏失」（調查案號：103教調52），吳茂昆被迫繳回176萬多元。
對此，行政院發言人徐國勇說是「誤會」。王純娟也提出質疑，若只是誤會，吳茂昆為什麼需要被迫還錢？
王純娟也表示，吳茂昆以國立大學校長的身分，2015年未假陪同民進黨蔡英文跑選舉行程，事後以「基於考量該校為增設護理系所、健康管理或長期照護課程之可行性」為遁詞，但是東華大學至今未見有護理系所、健康管理或長期照護課程，如同打臉他的說詞。
王純娟說，吳茂昆被爆在校長任內至大陸清華大學擔任講座，她提出質疑，假如這樣的人可以擔任教育部長，管中閔為什麼不能就任台大校長？一旦吳茂昆就任教育部長，誰來監督他的差勤？
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