洪仲丘案期間，因為社會對軍法體系不信任，讓國會火速通過軍審法修法，承平時期把軍法官的檢察、審判權移交給司法機關，大大衝擊軍法官的士氣，更嚴重的是，國會沒人討論過戰時如何把司法回歸給軍法，屆時軍法如何執行被劃上大問號。
2014年1月13日，國防部完成歷史性的全台軍人囚犯大移監，軍事監獄吹起熄燈號，軍法官的審判檢察權承平時期也遭到凍結。
記者相振為：「全國的軍事法院目前只剩下桃園有審判庭，但目前都沒有任何庭審的功能，而是讓軍法官定期回來做攻防演練。」
軍事法院的神秘面紗首次在媒體鏡頭前曝光，掌握生殺大權的審判席，軍檢與律師的攻防陣地不知何時才會重新啟用，軍事案件倉促移交司法，3年下來陸續出現後遺症，光是對逃亡的認定就有出入。
國防部人權處長金甌：「在整個司法判決的後面結果，會發現到司法因為必須注重到人權保障跟程序正義，造成我們領導統御跟軍紀安全稍稍受到影響性，這是我們目前比較在意的地方。」
軍法能否被貫徹執行已經被劃一個大問號，軍法官的士氣更大受影響，過去當法官跟軍事檢察官現在做的卻是法律諮詢，代理訴訟、契約審核，平時沒有累積實戰經驗，戰時如何快速回歸軍法體系，國會虎頭蛇尾，兩手一攤沒人過問。
國防部人權處長金甌：「當時只考慮把原來的軍法案件移送給司法機關，保留戰時軍事審判的制度，可是整個法制作業裡面並沒有做全體、全面性的考量，現在人都編到部隊去，戰時是否有辦法一下子就把我們人員從軍團回到軍事院檢，這我們要考量。」
國防部自己補破網，研擬未來直接把庭審開在作戰區，而入學時爆發洪案經歷軍法變革，今年畢業的新科軍法官們也度過好一段的調適期。
國防大學法律系四年級學生許仁杰：「入伍當時暑假，發生軍法變革的事情，當下一開始是滿錯愕，因為跟剛開始得到的資訊不太一樣，但是回到學校之後，入伍訓回到學校之後，老師、學長姐回來，他們在部隊實務經驗我發現並不是壞事，而是路會越來越寬。」
國防大學法律系主任田力品：「全國的任何一個法律系沒有這種法律系在畢業之前，全班考上採購證照，他們班做到了。」
國防大學法律系的一年級新生誠惶誠恐，迎接全新挑戰，軍法司法未來如何接軌，恐怕是政府高層得國會得好好思考的問題。
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