大埔張藥房土地徵收案敗訴，張藥房遺孀指副總統吳敦義責任最大，因吳敦義擔任行政院長期間，曾主持大埔協調會，承諾原地保留，後來卻跳票，但吳敦義今天出席公開場合，急忙撇清，說他自己很多細節都不清楚，房子就被劉縣長拆掉了，還說自己心裡也很不安；但現在內政部究竟要不要上訴，陷入兩難，因為如果不上訴，那目前進行中的33個土地徵收計畫都可能出現變數，如果上訴，紛爭則會持續。
副總統吳敦義：「就是那個張藥局，他因為原來差不多有11坪，這我都不知道，後來被劉政鴻縣長拆掉了，我去查，雖然不是在我講的劃農、農地，劃地歸農，不是在那個範圍。」
吳敦義開口閉口都是撇清，大埔張藥房土地徵收案，內政部敗訴，當時的行政院長吳敦義，如今被家屬點名要負最大責任。吳敦義：「我心裡其實有點不安，我不能要劉縣長認錯或不認錯，他是民選縣長，也不是小朋友，我怎能夠隨便講他錯。」
儘管副總統有許多解釋說法，但2009-2012年吳敦義內閣，2010年8月17日，吳敦義主持劉政鴻與大埔農地徵收住戶的協商會議，結論全數原屋保留，但最後卻還是跳票。
敗訴後，高層連日密切溝通研商，現在可能因為李鴻源部長一句「再上訴的社會成本太大，且會成為無窮盡的對立」，傾向不上訴，而且還是來自高層的指導。吳敦義：「我沒有要內政部不考慮去上訴，我也沒有建議內政部說絕對不要上訴。」
考慮到年底大選，社會氛圍是藍營高層可能不上訴的最大考量，但放棄上訴沒這麼簡單，目前全國正在審議中的33件區段徵收案，像是桃園航空城一共3200公頃的土地以及板橋浮洲的區段，恐怕會產生骨牌效應，產生徵收產生問題。內政部次長蕭家淇：「未來其它的案子可能都會要求比照。」
在大埔案勝訴後，恐怕會出現骨牌效應，許多延宕中的開發案可能因為大埔開先例而引發衝突，雖然相較於大埔案的公益性、正當性，狀況可能不一致，但難保居民不會再次找出協議瑕疵，力求翻案，內政部最後上不上訴都會面臨兩難。
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