吳乃仁辭去證交所董座其中一個重要原因，就是因為新潮流系隨著蘇貞昌組閣後，聲勢升高，引人側目，吳乃仁藉著辭去職務，想削弱黨內對新系的反彈，不過新系前總召段宜康對於黨內對新系的敵視，話仍說得很重，強調如果現在還在想著有多少位子的人，是一種墮落。
吳乃仁請辭證交所董事長，要讓扁政府蘇內閣中，再缺一人，試圖解除新潮流在民進黨內「公敵」的形象。
新系前總召段宜康：「我們不願意在這邊講，新潮流在民進黨中央黨部，沒有半個主管位置，我們不願意去比較，哪個派系在內閣有多少位置，坦白講在這個時候，還在計較誰的位子比較多，是一種墮落。」
看看內閣中的新系人馬，有獲得留任的邱義仁，由於深獲總統倚重，逐漸退出派系運作，反被視為「扁系人馬」，吳乃仁有意辭去的證交所董座，其實是新系在扁政府中最重量級的官位。至於從縣府時代就跟隨蘇貞昌的政務委員林錫耀，與從黨中央轉戰新聞局長的鄭文燦，與其說是新系，不如說「蘇系」色彩更重，只是新系精於謀略、排他性高的色彩，長期被黨內側目。
邱義仁與吳乃仁在當中的角色更無可取代，但隨著總統宣示權力下放，近期同樣身為新系大老的林濁水卻喊著要邱義仁下台，也讓新系內部出現內鬨。
段宜康：「新潮流容忍個別團體，跟團體的不一致有一定限度，如果繼續堅持這樣不一致，必須要考慮個別成員去留。」
要求砲口一致，甚至不排除對新系創黨大老開鍘，新潮流在後扁政府時代，依舊不改紀律鮮明的本色，積極在黨內求生，重新佈局，等待再起。
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