台大禮遇趙建銘，不只外界看不下去，醫院裡的醫師也發出不滿的聲音，加護病房主任柯文哲率先發難，他說趙建銘事件根本是政治SARS，台大醫院把一個好學生給教壞了，院長還親筆寫詩，暗指這樣的不平等關係，他也感到苦惱，只是，苦惱之餘，大家看不到台大處理這件事情的魄力。
這是台大院長林芳郁親手寫給醫師們的字條，引用的是善能禪師的詩句，「不可以一朝風月，昧卻萬古長空，不可以萬古長空，不明一朝風月」，詩詞的意思，林芳郁特別加了註解，強調這是平等觀！差別隨緣！因為趙建銘在台大惹出的種種爭議，台大院長自己也很苦惱。
台大加護病房主任柯文哲：「在一視同仁跟特別的部分，到底要怎麼取捨，他(林芳郁)也在思考，所以才寫那個字條，因為從來沒有一個醫師被收押，趙建銘這個案子很明顯的，是把好學生教成壞學生。」
率先反彈發聲的是台大加護病房主任「柯文哲」，身為陳水扁臺大醫院後援會成員的他，痛斥台大人的風骨，因為趙建銘一個人而受損，台大應該徹底檢討道歉。柯文哲：「其實也不是說一個人包庇可以變成這樣，這是很多人都放水，陳總統真的是太寵吳淑珍，偏偏吳淑珍又很寵女婿，一個寵一個…就不能收場了。」
嘴裡說檢討，但是直接檢視台大醫院的實際作為，眼看羅姓工友三度護航，台大沒有任何處理，趙建銘交保，出動警衛擋媒體，比隨扈還盡職。台大警衛：「拜託啦！拜託啦！」記者：「他是你們醫師嗎？為什麼要這樣子？目中無人啊！」
甚至讓趙建銘進出台大開刀房，如入無人之境，臺大醫院儼然成了趙家避風港，檢討難道只是說說嗎？趙建銘：「幫我開個門，我進去拿東西。」台大醫護人員：「喔！好好好！」柯文哲：「他被停權我相信絕大多數歐巴桑和護士都不知道，這措手不及啦！所以對我們而言，是政治上的SARS。」
一邊檢討，一邊放縱，想要降低趙建銘帶給臺大醫院的衝擊，院方需要魄力，展現鐵腕。
