前中研院院長李遠哲，跟進前國策顧問、義美總經理高志明呼籲陳總統下台，再度對政壇投下震撼彈，連續兩次大選都公開表態挺扁的李遠哲，在陳總統執政6年多，對團隊表現，貶多於褒，在一片倒扁聲浪中，李遠哲決定諫請總統下台，為兩人關係正式攤牌。
就是這麼一握，前中研院院長李遠哲，和陳總統握出微妙關係。
2000年大選前夕，李遠哲喊出向上提升或向下沉淪，號召挺扁，出任國政顧問團首席顧問。前中研院長李遠哲(89.3.10)：「希望他在當選之後，在執政時候能夠幫他。」
縱使4年執政，陳總統為李遠哲而設的兩岸小組，無疾而終，2004年李遠哲還是為陳總統競選連任背書，然而面對民進黨弊案連連，李遠哲除了聲明表達痛心，去年被立委一逼問，終於忍不住吐露心聲。國民黨立委蔡錦龍(94.10.31)：「你要不要挺陳水扁。」李遠哲(94.10.31)：「他要檢討。」蔡錦龍(94.10.31)：「你會不會挺陳水扁？」李遠哲(94.10.31)：「我想我不要回答這個問題。」
眼看就快失去李遠哲開的保單，陳水扁提出權力下放，即時再度挽回李遠哲的支持。總統陳水扁(95.7.3)：「阿扁要特別向院長表示歉意，不管於公於私，應該做的更好更多，卻沒有做到，讓院長也讓人民失望。」
深深致歉，但一旁李遠哲也在思考，陳總統執政6年多，到底表現在哪裡，身為知識分子，李遠哲回想當初表態對社會大眾有道義責任，還是決定跟進挺扁企業家，諫言陳總統下台，讓兩人冰點關係更白熱化。
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