國務機要費案今天再度開庭審理，檢方提出4大理由，主張陳水扁總統把機要費卷證核定是永久保密根本是程序違法，但律師團在庭上也強烈反駁，律師主張，總統是依照憲法及大法官解釋來做核定，權責早就凌駕在國家機密保護法之上，合議庭裁示將在9月26日繼續開庭討論。
國務機要費的卷證資料，被陳水扁總統核定是永久保密，在9月7日開庭前，總統府以秘書長葉菊蘭具名的公函發給合議庭，指出總統根據大法官627號解釋，重新核定偵查卷宗是永久保密，這主張被檢方認定是程序違法。
但律師團反駁，是檢方搞不清楚總統的權責範圍，是凌駕在國家機密保護法之上。馬永成律師李勝琛：「執行的內容當中，有涉及到敵對政權的相關人員，難道這不是外交，難道這不是機密嗎？」
雙方在庭上激烈交鋒，檢方主張總統核定程序違法，因為按規定，國家機密不能掩飾不名譽行為，但吳淑珍、馬永成等人涉及犯罪，總統卻把卷證核定為國家機密，明顯違法。
而且核定的時間點居然是在審判中，也超過30天內的規定；再加上應該是總統來核定，不該由葉菊蘭發公函，另外，根本不是機密的，例如台灣禮敬工作，也被核定是絕對機密，檢方要用這四大點，主張總統違法。
不過合議庭並沒有當庭裁示，總統是否違反程序，將在9月26日讓檢辯雙方繼續在庭上爭議。
