雙城論壇確定延辦的消息引起各方關注，原因之一是今年預定簽署的兩份合作備忘錄（MOU）尚未確定。台北市政府與中央部會就MOU審查過程產生爭議，台北市勞動局公布審查時序，指出從8月28日送交中央至宣布9月不辦期間，未獲勞動部回文。勞動部則回應表示，已積極協助與溝通，呼籲不要將中央部會的「協助」扭曲成「卡關」。
台北市政府公布時間序顯示，8月28日將職能培訓MOU發文中央，正本給勞動部，副本給內政部和陸委會。陸委會於9月12日要求勞動部與市府進一步釐清合作範圍，並在9月18日再次要求市府修訂內容。9月19日市府與陸委會透過電話聯絡，晚間仍未達成最終版本的共識。此外，陸委會要求修改名稱和內容超過一半，依規定更改名稱必須重新送出申請，考量時間緊迫，無法倉促送案。台北市政府強調，自8月28日將MOU送交中央主管機關後，直到9月24日才獲勞動部回文，建議就文字修正並重新進行申請。
詹為元認為，如果台北市長蔣萬安按照原定行程於9月25日出訪參加雙城論壇，勞動部的MOU就一定簽不成，等於是陷蔣萬安於不義，給他穿小鞋。對此，勞動部回應表示，從接到台北市政府公文開始，就本於權責積極協助與溝通，絕無阻擋。勞動部和陸委會已於9月19日提供MOU修正建議給台北市政府參考，並無「已讀不回」的情況，請有心人士不要惡意曲解。
台北市議員林亮君則表示，早在9月19日就已針對MOU相關文字進行進一步的正式確認和討論，林亮君表示，蔣萬安市長應說清楚中方是否對台北市政府有不合理的要求。
