政府為防範共諜案展開大規模調查行動。特查表單詳列十一項查核項目，不僅針對公務員本人，更涵蓋三親等親屬。若符合特定條件，如本人或三親等內親屬曾赴中國大陸或港澳探親停留一年，或是配偶、同居人曾到大陸、港澳，政府將有權調閱當事人財稅及金融資料。此外，近五年有酗酒或藥物成癮問題者，調查局亦可查閱其醫療紀錄。此舉引發不同政黨立委的關注與討論，有人質疑範圍過廣，也有人認為必要性存在，對此政院人士表示，目前已完成特查共1352人次「持續受理中」。
特查表單要求公務員填寫個人資料、配偶及同居人資訊，若不同意填寫將無法任職，契約進用人員則將被調整職務。查核項目中特別註明，若本人或三親等內親屬在開放到中國大陸探親後曾在大陸或港澳停留一年，或本人配偶、同居人近三年曾到大陸或港澳，法務部即可蒐集當事人的財稅與金融資料。三親等親屬範圍相當廣泛，從伯伯叔叔、姪子女、外甥，到曾祖父母、曾孫子女皆包含在內。
國民黨立委羅智強對此表達憂慮，他認為涉入共諜案的多為民進黨機要人員，而非經過國家考試的常任文官，卻讓忠於國家的公務員受到牽連。羅智強質疑這種做法是否過於侵犯隱私，並指控政府似乎預設立場，將公務員視為潛在共諜。
相較之下，民進黨立委沈伯洋則持不同看法。他表示，中國滲透風險確實可能透過親人進行，因此金流調查有其必要性。不過，沈伯洋也呼籲，立法院有機會應請行政院說明特殊查核與過去有何不同，以及在哪些方面有所進步。
