作為直屬總統府的國安決策核心，520後的「國安會秘書長」，確定將由外交部長吳釗燮轉任。如今，太陽花學運出身的民進黨前副祕書長林飛帆，也被點名，極有可能進入國安會，擔任副秘書長或諮詢委員等重要職務；對此林飛帆表示，一切以總統團隊公布為主。
公開說聲對不起，前學運領袖林飛帆3月中旬才與太陽花成員齊聚，只是未來要出現在類似場合，可能不太容易。
民進黨前副秘書長林飛帆：「TEAM TAIWAN 挺台灣。」
民進黨立委賴瑞隆：「林飛帆畢業自成大、台大，在倫敦政經學院取得碩士學位，對國安事務的掌握跟處理，我相信是一個適切的人選。」
黨內多半正面看待，從學經歷來看，太陽花學運出身的林飛帆，臺大政研所倫敦政經理學雙碩士學位，曾任民進黨副秘書長、民進黨智庫董事，如今可望進入國安會任職。不過馬時期的國安幕僚，卻很不給面子。
國安會前副秘書長楊永明：「如果他是在國安會擔任這個職位，那就是把國安會給錯亂地運用，次長級以上的歷練，他才有一個全觀性全盤性的高度，能夠去做政策的研究，然後協調提案給總統。」
質疑林飛帆過去雖有黨職經歷，卻缺少國安或戰略相關背景。更有藍委搬出過去立院報告，推算國安會諮詢委員年薪，平均300萬堪稱部長級。
國民黨立委王鴻薇，他的薪水當然又會三級跳，從原來的「林9萬」，可能未來會變成「林20萬」，連退選者都可以進入新政府。
只是就算再不滿意國安會任命，屬於總統職權國會無權干預。
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