前新竹市長林智堅日前因論文遭認定抄襲，引發輿論譁然，就連指導教授、前國安局長陳明通，也被批指導不周遭非議，不過日前他接受作家洪浩唐訪談，稱林智堅論文抄襲案是「獵巫」事件、世紀冤案。今（25）日他也出席新書發表會，直言「我講這是世紀大冤案，是有司法認證的！」因為林智堅畢業比較晚，余正煌畢業比較早，才被審定委員認定林抄襲余。
陳明通說，在2015年12月27日和林智堅討論論文進度，當時余正煌原先的論文被口試委員打槍，要求要訪問在台陸生，余希望能換口委，但陳不同意建議他換題目，隔年1月5號與余正煌進行寫作的擬稿，在徵得林智堅的同意下，借6次民調資料給余，他強調「我跟林智堅在12月27日就已經討論，余正煌是半路殺進來的」。
陳明通表示，去年6月17日台大教評會決議不解聘，但台大學倫會判定林智堅論文抄襲，他認為這是世紀大冤案，會持續為林平反，「余正煌最核心論文的東西，要不是我給的，就是我與林智堅的創作。」他說，只因余畢業比較早，就被認定抄襲，而且審定委員會不承認法院的文件， 造成這場世紀大冤案。
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