金廈水域又有新爭議。立委陳玉珍立院質詢時提問，大陸清淤船能不能經過金門禁限水域。院長陳建仁和海委會主委管碧玲，第一時間都回覆不可以。但就在陳玉珍拿出交通部2015年公告表示，大運送客貨船運許經過後，陸委會主委邱太三證實，但海巡隨後又表示，大陸清淤船不屬於客貨船。
海委會主委管碧玲：「這是根據兩岸人民關係條例。」
行政院長陳建仁，海委會主委管碧玲，12日備詢時才明確說出，大陸船隻不能經過金門限制水域，進行清淤，國民黨立委陳玉珍立刻拿出文件駁斥。
國民黨立法委員陳玉珍：「(交通部)104年12月17日開始實施運送客貨輪，經過金門，限制進入大陸地區廈門港，是被允許的好嗎。要處裡大陸事務，連兩岸之間所有的歷史過程都不了解。」
陳玉珍出示交通部公告表示，運送客貨的船舶，是被允許經過金門限制水域進入廈門港，這時站在一旁的陸委會主委邱太三，出面答覆。
陸委會主委邱太三：「雙方當時劉五店航道有研議過啦，允許的吧對，才會有你這張公文啦。」
邱太三口中的劉五店航道，是自古以來廈門地區各個海港，進出臺灣海峽開闊海域時，最常通航的航道。
在馬政府時代，兩岸協商開放劉五店航道。
陳建仁、管碧玲，和邱太三對於劉五店航道理解有出入外，當天下午，海巡署也澄清，挖泥船適用《兩岸條例》，不適用2015年公告，因為清淤船不是客、貨船，而且即便公告內容的船舶進入，劉五店港區也要通報，否則海巡船艦會持續驅離。
大陸國台辦發言人陳斌華：「讓我很感慨台灣一些官員一些部門，經常搞不清楚狀況。劉五店航道疏濬
大陸漁船翻覆兩死案，讓金廈海域緊張情勢升溫，也讓劉五店航道，爭議再起。
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