民進黨總統當選人賴清德再兩個月將就職，大選前，賴清德的「台獨」立場就飽受對手攻擊，認為賴執政下，兩岸關係無法得到舒緩，而現在賴政府還未上任，原本就已緊張的兩岸關係，又因陸船翻覆事件、禁陸團令更趨升溫，可預測新政府上任後，兩岸議題將成為大挑戰。陸船翻覆事件，海委會主委管碧玲前後說詞不一，讓此事件成為羅生門，學者點出管的做法某程度上也反應出即將上任的賴政府想法，若兩岸關係不佳，面對國內及國際社會，希望賴態度硬起來，「凍結台獨黨綱」的聲浪，就可解套。
陸船翻覆事件導致2死，管碧玲為無錄像畫面道歉，但海巡署長周美伍備詢又稱「怎麼可能沒有雷達航跡和影像？」，管碧玲今（5）日又表示，這些都是聽錯、誤解，說法不一讓外界霧裡看花。
台大政治系教授左正東接受《TVBS新聞網》採訪時表示，若陸船翻覆事件等到賴清德上任後，將會提高因應成本，情況將會更難以處理，認為總統蔡英文可以在交接前扮演積極角色，不要被國內鷹派牽著走，應採取以穩定兩岸關係為目標的方案，在這過程展現未來雙方穩定的政治基礎，讓未來雙方找到都可接受的互動方式。
至於管碧玲在此事件扮演的角色，左正東說，認為管的作法並非其自身的想法，「民進黨政府一定認為繼續拖下去，對民進黨有利」，減緩賴清德上任後，需要提出溫和兩岸立場的論述，「這方面壓力就減輕了」，因若兩岸關係和緩、沒有惡化，美國及國內將會出現希望賴清德凍結台獨黨綱的聲浪，但若兩岸關係不佳，賴就沒有這個壓力。
左正東說，「抗中保台」就是意在讓國內覺得，兩岸關係不佳，問題都出在對岸，以致於台灣沒有退讓的必要，「目標就是讓台灣社會與國際社會，認為責任都在北京」。
文化大學廣告學系系主任鈕則勳接受《TVBS新聞網》採訪時表示，陸船翻覆事件現在變成「羅生門」的政治事件，關鍵點就在於管碧玲在這件事件當中的角色，管在發言上野有訊息不一致的情況，或可推斷，管是否有政治上的考量？是要使用「抗中牌」？或是在為520後，為保住官位而有的「揣摩上意」操作？
鈕則勳說，管碧玲及周美伍對此事件的相關論述不一，讓外界質疑是否有人刻意隱瞞， 犯了危機處理大忌，政治化操作很明顯，但認為這事件仍有和平落幕機會，因為賴清德520上台，「不能因為這事件搞得灰頭土臉」，加上適逢對岸在兩會期間，對岸或許也不希望因為這樣的事情導致情況複雜，「彼此之間的內部考量，或許是畫下句點的方法」。
面對兩岸關係升溫，賴清德上任後如何緩解雙方關係將是大挑戰，鈕則勳認為，賴就職時的致詞稿就非常關鍵，而美國在其中扮演的角色也很重要，即在賴就任的稿件內，將會有一些美國的影子在內，「可能會釋出一些軟調訊息」。
他指，對岸對於賴基本上不信任，美國會擔心也會被拖到不願意涉入的局賽，所以未來美國某程度上會擔任賴清德的「煞車皮」，某種程度下執導期、穩定局勢，畢竟美方也會擔心賴的「台獨」屬性影響美國本身國家利益，並不樂見。
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