選戰結束中選會開票被質疑有瑕疵，現在民眾黨基隆黨部執行長更拿中選會公布資料，指控「多個投票所票數異常」，像是北市內湖一個投開票所，中華統一促進黨310票、民進黨只有2票，中選會說有掌握狀況，還會調查。
類似狀況還包含桃園南埔里894投開票所，民進黨有2票中華統一促進黨414票，可是同一時間賴清德卻在這拿下469票，另外高雄路竹區356投開票所，民眾黨０票司法改革黨139票變成第三大黨，彰化縣0291投開票所中華統一促進黨282票、時代力量284票、民進黨0票、國民黨1票，高雄明孝里1813投開票所新黨84票、民眾黨2票。
民眾黨基隆市黨部執行長李嘉濠：「數據檢驗發現至少有10個以上投開票所，有類似情事或是投開票數據異常，懇請中選會應敬速查明。」
高雄明孝里長林浤澤：「我去比對了一下所有投票訊息，我想很有可能原因可能是民眾投錯票，因為新黨就在民眾黨的旁邊，這數據是中選會呈現的數據，但是不代表就是有作票。」
就連在地里長也有點疑惑這數字不過強調這數據確實都是現場回報，中選會則說有掌握這情況還在調查，只是全台投開票所陸續被指有狀況還有基隆民眾發現，白色票匭被丟到回收垃圾堆上面封條是新北官印，但按理說這些應該都要交由選務機關保管，使用年限到才能銷毁。
民眾黨基隆黨部主委林毓峰vs.中選會：「中央要求地方怎麼管理，這個票匭跟封條的部分，就是有使用年限的話銷毀。」
被挑開票瑕疵中選會澄清，倒是被指「作票」現在硬起來說已經彙整網路散布的不實影音訊息，移送檢警查辦這包含網紅愛莉莎莎嗎。
中選會副主委陳朝建：「檢警依法在偵處中的案件，我們就不便做說明。」
就怕讓民眾失去信心，中選會再上火線。
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