選舉結束，不過有民眾PO出不少在開票中心拍到的影片，質疑有作票疑慮，包含唱票和記票不符，喊一號畫二號；而YouTuber愛莉莎莎表態挺柯，不過柯文哲落選後，她在IG轉PO多段影片，其中一段發現票箱內有夾層，質疑藏票作票，但事後也道歉用詞不當，應該稱不符合開票程序比較合適。
唱票員：「2號賴清德1票，2號賴清德1票。」
一名唱票員拿整疊總統選票，被質疑一整疊都沒摺痕，還全部都是2號，說都同一面還那麼整齊的機率是。
接著又拍到同一名唱票員，也有整疊柯文哲的票，愛莉莎莎批評先整票再開票，已經不符合流程。
民眾vs.開票人員：「你都沒有先公布領票數，你領票數這個你抄的是，開票數加起來，那個是不一樣的東西耶，選委會上面說要先公布，領票數有多少。」
愛莉莎莎也PO出其他影片，內容是民眾和現場開票人員爭論，現場沒有先公布領票數，批評公然違反開票規則，選後質疑開票不符程序的影片，網路上也不少人PO。
喊的是柯文哲，計票員畫的卻是賴清德，馬上被糾正。
民眾：「那個柯文哲怎麼記到賴清德呢？」
計票錯誤情形，台南也有。
不過，台灣事實查核中心釐清，影片中的投開票所是台南虎尾里活動中心，開票過程確實疏失，但民眾反應後已修正最終核對無誤，而且檢視影片有剪接的痕跡，並非連續畫面，在雲林也有民眾當場質疑開票過程。
好幾位選務人員圍在桌子前，把所有票箱打開整個倒出來，一邊整理一邊唱票。
雲林縣選委會總幹事陳良駿：「投開票所工作人員未依規定程序『檢票』、『唱票』、『計票』、『整票』。」
針對網路多段質疑影片，中選會也發布新聞稿，駁斥作票，也補充投開票所內負責監票的監察員，民眾黨、國民黨及民進黨等都有推派監察員，參與監票作業，全程公開透明接受各界檢驗，沒有作票的可能。
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