選舉結束了，雖然投開票作業都是公開舉行，但部分民眾紛紛上傳在開票中心拍到的影片，質疑有作票疑慮，包含唱票與記票不符，喊一號畫二號；還有總統、立委同時唱票，互相干擾恐怕出錯，另外，也有網友po影片，質疑紙票匭有夾層，台灣事實查核中心紛紛釐清，中選會也強調，開票過程全程公開透明，可以接受各界檢驗。
疑似桃園的投開票所被民眾發現記票錯誤，這樣的情形，台南也有！
唱票員：「一號柯文哲！二號！」
不過，台灣事實查核中心釐清，這影片的投開票所是台南虎尾里活動中心，開票過程確實出現疏失，但民眾反應後已修正，最終核對無誤，而且檢視影片，有剪接的痕跡並非連續畫面。
投開票惹爭議，新北市中和區投開票所，就有民眾把蓋有「槍斃死刑犯」之政黨票選票帶出投開票所，說是為了要為警察伸張正義，被制止不聽，員警將他依違反選罷法送辦！
唱票員：「2號賴清德一票！2號黃捷一票！」
在高雄，開票時總統、立委一起來，兩邊同時唱票，民眾質疑會造成混肴記錯票！
民眾：「會互相稍微有點干擾，容易發生錯誤？我覺得會。」
選委會表示，兩組開票人員會相隔一定距離，並以不同節奏唱票，或是唱票時採一組男生、一組女生的配置，計票人員就不會聽錯，可是，還是有同是女唱票員的情形發生！
工作人員：「這東西他們要看得很清楚！請站在那個線後面好嗎？」
網路上，有人po影片，質疑票匭怎麼會有夾層，但有民眾回應，票匭底部本身就會放紙板，是防止底部被戳破，選委會也表示，貼封條前，會向在場民眾展示空票匭，並在紙票匭底部加貼封條，開票所也有政黨推薦的監察員在場監察，全程公開透明，接受各界檢驗，沒有作票的可能。
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