軍方最近屋漏偏逢連夜雨，洪仲丘枉死案件延燒1個多月，引發外界對軍方高度不信任，而軍方人事鬥爭也在此時浮上檯面，先是傳出可能接任下屆參謀總長的陸軍司令李翔宙與當時在任的總長嚴明所主導的國防部2者之間的權力鬥爭，而楊念祖短命的6天部長，更讓他與前部長高華柱以及所培養的高家軍因洪案所生的心結赤裸裸的曝光。
洪仲丘，一名下士之死，誰也沒料到竟掀開軍方內鬥的壓力鍋，事件初期，參謀總長嚴明主導懲處，跨越連坐三級慣例，陸軍司令李翔宙遭記申誡引起關注。陸軍司令李翔宙(102.7.17)：「仲丘媽媽也或許放下了，但是我們陸軍司令部絕對放不下。」
陸軍司令李翔宙7月17日召開記者會道歉，其實原定16日就要開，但國防部先一步在15日由部長高華柱親自主持，形同阻殺。陸軍六軍團指揮官陳泉官(102.8.3)：「這是總統這邊頒給仲丘的旌忠狀。」
引發抨擊的旌忠狀，也看見國防部公開切割，強調是陸軍單方面的主意。時任國防部副部長楊念祖(102.7.20)：「請大家給國防部一個機會，大破大立，痛改前非。」
內鬥下半場更升一級，外界認為擋子彈、扛責任的楊念祖，外傳高華柱很不是滋味。軍事評論員黃敬平：「部長不在的話，首席副部長是軍政的副部長，也就是文人的楊念祖，應該由楊念祖出面去處理這件事(洪案)，(發生初期)理應坐鎮國防部，把這個事情處理得很圓滿，當時(楊念祖)一直沒出面，所以當然很多人會質疑說，是不是楊念祖故意讓高華柱難堪？」
卸任之後，高華柱三度赴洪家，發言依舊站在高位，還傳出他曾放話指軍中有高層交代要整洪仲丘，等於把難題丟給接任的楊念祖。
黃敬平：「(高華柱)在部長任內，提拔、舉薦、擢升不少的將領，多半在軍中會被貼上高家軍的標籤，楊念祖上來之後，有可能不服楊念祖的領導，當然在軍方內部都有這些雜音。」
此外，高華柱被認為是地下部長，卸任後的高階將領人事異動，包括董翔龍、高廣圻甚至新部長嚴明，都被認為是馬總統滿意，又與高華柱親近的將領。總統馬英九(102.8.4)：「共同研究怎麼把真凶抓出來。」
馬總統第二度探視洪家，即便高華柱卸任，依舊在場與楊念祖比鄰而坐聆聽，軍方人事再異動，馬政府任內最長壽的部長地位不隨下台而有所動搖。
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