國防部長高華柱對洪仲丘案負起政治責任，但在30日與軍事記者的餐敘後，卻傳出「有軍方高層特別交代要好好照顧洪仲丘」，這讓外界質疑是高華柱在下台前，刻意放話要來為難繼任的楊念祖，因為軍高檢的偵結起訴書中，並沒有提到「有人交代要特別修理洪仲丘」，案情又多黑幕，也讓即將上任的楊念祖，一站在質詢台，就被立委砲轟。
再度登上備詢台，國防部準部長楊念祖淡定依舊，但立委砲火可沒停歇。立委管碧玲：「這個事證跟今天偵結的結果方向完全不同，去追查這個高層是誰，他所知道的事實是什麼，這個查不出來，你當什麼部長！」
立委直接挑明楊念祖臨危受命，就是要好好處理洪案，即將接任的不好過，將要卸任的也風波不斷，照片裡的高華柱微笑帶點拘謹，30日晚間和軍事記者的餐敘，知無不言、言無不盡，還談到了洪仲丘案。資深軍事評論員林弘展：「他(高華柱)說，當時他如果在國內的話，可能處理起來就比較會，會立即能夠讓真相大白，這次他因為時間發生的時候，他(高華柱)人在國外，在國外所接到的訊息，也有點誤差，導致第一時間，沒辦法做很明確的指示。」
同桌餐敘的資深軍事記者，轉述高華柱的心情，7月1日高華柱出訪巴拉圭，人才離開台灣，7月3日洪仲丘就過世，17日陸軍司令李翔宙親自上香，已經是兩個禮拜後的事情，早已錯失處理的黃金時段。資深軍事記者吳明杰：「542旅有沒有可能，特別交代269旅來對洪仲丘的禁閉過程來加菜，特別照顧，他(高華柱)個人其實，也跟我們想法一樣。」
委婉轉述對話原委，強調高華柱是被動回應，但軍檢的偵結起訴，並沒提到任何人有放話，要好好關照洪仲丘，高華柱的這番話，才被懷疑是留了伏筆，要來為難楊念祖，不過相關人士也緩頰，高華柱反而要大家好好幫助楊念祖，以前任長官之姿來提攜下屬，不過洪仲丘的死謎團沒解開，就算換了部長設下停損點，恐怕還是沒能就此止血。
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