歷史教科書中使用「日據」還是「日治」，爭議不斷，因為這兩個用法涵意不同，支持「日治」及「日據」的學者都有，教育部不排除「日治」與「日據」並陳，不過行政院表示，政府機關公文應該統一規範，所以選用維護國家主權和民族尊嚴的「日據」這個說法。
一本本歷史教科書，述說台灣歷史，現在因為編撰課本用字「日據」，後來順應民間意見，改用「日治」這個詞，到底是用「日據」還是「日治 」，引發爭議。
台灣教授協會表示，兩者的解釋不同，「日據」的意思是暫時的軍事性佔領，來自中國的黨國意識形態，而「日治」則是受日本殖民統治，屬於領土轉移的意思，不過行政院在公文處理上，選擇統一使用日據這個詞。
行政院發言人鄭麗文：「公文書的處理來講的話，政府的行政機關，當然必須要有統一用語，那在統一用語的選擇上面，我們當然是基於維護國家的主權，還有民族的尊嚴立場來做選擇。」
在電影稻草人裡，民間有許多關於日本統治時期的描寫，教育部表示，不排除「日治」與「日據」並陳，因為學校教科書開放民間編寫，所以尊重編者對歷史的詮釋，保障的言論自由，只不過政府機關公文應該統一規範，所以選用「日據」這個說法。
