陳建仁確定接閣揆，不過他在中研院特聘的職務並沒有辭去，藍營就大酸，陳建仁是不捨月薪49萬高薪嗎？是否也打算閣揆做一年，又要回去中研院繼續領，中研院則強調陳建仁是符合規定的「借調」，而借調期間陳建仁必須留職停薪。
只是這研究做了不到三年，陳建仁再度踏上仕途接任閣揆，但這中研院特聘研究員身分，沒要辭。
新任閣揆陳建仁(2020.5.14)：「當你活到一個年紀的時候，薪水不是你最重要的一個考量。」
國民黨立委李德維：「陳建仁卻可以占了這麼多好職缺，而且高薪的位置，是不是又再想一年以後即將卸任，又要回任中央研究員的高薪特聘研究員呢？」
藍營大酸難道是捨不得高薪，因為以陳建仁職位，月薪上看49萬元，比起來他擔任行政院長是32萬，而且這個特聘研究員，根據中研院規定具諾貝爾獎級學者資格者無任期制，全國唯一「終身特聘」，活到老、領到老，當時還被批是「李遠哲自肥條款」。
民進黨立委趙天麟：「行之有年的借調，因為他並不會領雙薪，是中研院希望能夠保留陳建仁院長，這樣優異的科學家，讓他未來沒有擔任行政院長之後，可以繼續的為國家服務。」
事實上過去陳建仁擔任副總統時期也是如此，而中研院也強調依照規定經核准得借調至政府機關服務，借調期間辦理留職停薪，因在連假期間，相關程序要等到30日上班日才會處理，只是陳建仁過去副總統時期曾大刀一砍軍公教年金，現在他得薪水終身領，也難免被對手拿來質疑。
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