為了扁家弊案被羈押43天的余政憲，從離開看守所後就消失無蹤，對於陳前總統抱怨他的傳言，余政憲在傍晚透過傳真發出一份澄清聲明，強調自己的為人，社會大眾自有公評，對扁辦的聲明，不便再予評論，對於黨內同志及朋友的真情相挺，他相當感激。
戴上手銬的這一幕，余政憲神情落寞，怎麼都想不到會有這一天，對於陳前總統對他的抱怨傳言，忍了一天，終於在傍晚透過傳真發出一份澄清聲明，強調自己的為人，社會大眾自有公評，對扁辦說陳前總統沒有怪他的聲明，不便再予評論，對於黨內同志及朋友的真情相挺，他相當感激，未來的司法審判，他將用坦然的態度面對。
從10月15日踏進看守所後，很明顯的，余政憲交保時瘦了不少，羈押時余政憲皮膚黝黑、臉型豐潤，1個半月後膚色變得蒼白、憔悴，在看守所的日子，當時的他曾經說過這段話。前內政部長余政憲(2008.11.27)：「當然也嘗試著去適應，在裡面當然不好過，但是還是適應了。」
出身政治世家，余政憲從小到大生活環境不會太辛苦，被關起來的日子，當然不好受，親近他的朋友私下表示，余政憲交保後限制住居在高雄和台北，不過余政憲大部分的時間都在台北陪小孩，即便重獲自由，但都在準備未來的官司，心情鬱悶可想而知。
如今傳出陳前總統抱怨他關兩天就認了，儘管扁辦否認陳前總統帶有責備意味，但聽在因為吳淑珍才弊案纏身的余政憲耳裡，恐怕心情更鬱悶。
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