前新竹市長林智堅先前因論文門退選，讓不少縣市長參選人的學歷、論文也被詳加檢視。民進黨立院黨團今（5）日召開記者會，踢爆國民黨新竹市長參選人林耕仁在2010年的交大碩士論文涉嚴重抄襲，手法包含大量抄襲政府報告、引用資料魚目混珠、將官方統計資料剪貼等，對此林耕仁提出4點回應，強調自己所引用的資料都是政府公開資訊，且有註明出處，駁斥抄襲。
對於被指控交大碩士論文涉嚴重抄襲，林耕仁列出4點澄清：
1.我所引用的資料都是政府的公開資訊，而且都有註明出處，並非抄襲。
2.針對我的論文有六處疏漏引註，是我的失誤，我會虛心檢討。
3.我會自己主動送交陽明交通大學學倫會調查，並全程出席說明，捍衛自己的清白。
4.請民進黨不要轉移台北陳時中偷窺廣告的焦點，及拯救沈慧虹低迷的選情，選舉要回歸政策願景而不是潑髒水。
林耕仁表示，繼同黨謝國樑、張善政被潑髒水後，現在又對他交大管理碩士論文發動攻擊，很明顯又是民進黨現在的慣用套路，透過潑髒水來轉移焦點，進行人格毀滅，並且轉移台北陳時中偷窺廣告的焦點，及拯救沈慧虹低迷的選情。
林耕仁說，當時因為歸納辦公室民國97至99年的陳情案件，發現交通方面最多、治安方面問題次之，為進一步瞭解新竹市民關心的議題情況，在進入交大後，即以「新竹市現況分析及未來發展建議─以治安、交通及觀光為例」作為論文題目，進行文獻研究。
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林耕仁指出，他的論文是針對新竹市的治安、交通及觀光的現況分析，提供未來發展的建議，因此在文獻探討的部分針對政府資料進行分析，是他的研究流程。所引用的資料都是政府的公開資訊，而且都有註明出處，並非抄襲，「針對我的論文有6處疏漏引註，是我的失誤，感謝民進黨的提醒，我也會虛心檢討。」
最後林耕仁說，他的論文也許寫得不好，但面對民進黨潑髒水、毀人格的不實指控，「我不會屈服，我會自己主動送交陽明交大學倫會調查，我也一定會全程出席說明，全力捍衛自己的清白。」
對此針對論文涉嫌抄襲一案，國立陽明交通大學稍早也回應，學校對於學術倫理案件均十分重視並審慎處理，惟目前尚未接獲任何檢舉資料，故尚無法依據本校學術倫理案件處理要點處理之，若有檢舉案向本校提出檢舉，將依規定迅速啟動相關處理程序。
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