針對外界質疑論文抄襲，林智堅團隊再提出「3大邏輯」，強調自己才具有原創性。但2篇論文相似處非常多，團隊發言人指出，這是因為老師同樣都是陳明通，不過其他學校的教授認為，雖然內容相像可以預期，但用字遣詞都一樣，指導教授應該要負責。
不只小豬變大豬，論文抄襲這把火，同樣越燒越旺，林智堅團隊很想趕快滅火。
林智堅委任律師黃帝穎：「計畫內容、論文內容，在2016年2月1號已經存在，足以在法律上推定他為真正，也就是他是原創的部分。」
林智堅團隊發言人黃韋鈞：「它之所以會相似的原因，是因為陳明通老師，他的教學跟指導論文寫作的方式，所以我想我們從頭到尾，也從來沒有指責說，余先生的論文是抄襲的。」
參考的資料可能差不多，但兩人的論文結構拿來比對，第一章緒論細項相同，第二章理論回顧項目也沒變，除了第三章，一邊的主詞是林智堅，另一邊改成第三競爭者，到第四章結論還是一字一句都沒變。
東海大學政治系教授沈有忠：「同一個老師能夠提供的框架，或者說能夠提供的資料來源，也一定都會重複，但如果連參考文獻，或連寫出來的文字都一樣的話，那當然某種程度上來講，可能指導教授應該要負一點責任。」
不過林智堅團隊表示，沒有說余正煌抄襲，卻也堅持林智堅是原創，只是兩人論文實在太像，如有雷同莫非純屬巧合。
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