國務機要費除罪化後，高院更二審將前總統陳水扁、吳淑珍夫婦的國務機要費案判決免訴。不過2人目前仍官司纏身，陳水扁早被判刑20定讞，併科罰金2.5億元，目前還有4起案件因健康因素而停止審理。另外吳淑珍也遭判刑17年6月，併科罰金1.54億元定讞。
不只如此，最高檢察署特別偵查組（已裁撤）也起訴扁珍在二次金改中收賄，其中最高法院2012年間認定扁珍2人於元大併復華部分、元大馬家行賄扁家2億元有罪定讞，其中陳水扁判刑10年、併科罰金1億元、褫奪公權8年。
吳淑珍判刑8年、併科罰金8千萬元、褫奪公權7年。其餘部分發回高院更一審，但2人因健康因素，高院先前已經裁定停止審理。
此外，陳水扁另外還涉嫌教唆林德訓等人偽證，這部分也是高院更一審審理後，裁定停止審理程序。而陳水扁也被起訴隱匿公文、陳敏薰買官的洗錢案，這2案均在一審審理，也是裁定停止審理程序。而陳水扁雖然近年內主持廣播節目、出席各式場合，但他的保外就醫仍持續中，仍不須入監服刑。
至於吳淑珍雖然沒有再爆出其他弊案，但先前法官對於她的貪污行徑頗為不滿，曾在南港展覽館弊案中痛批她「濫用總統夫人地位所帶來的權力或機會犯罪」。而即便她早早就已判刑定讞，但因1985年車禍癱瘓後，身體狀況持續惡化，兒子陳致中還說自己母親如「風中殘燭」，連監獄都拒絕收受，不須入監服刑。
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