新任閣揆吳敦義昨天晚間公佈內閣名單，短短2天時間，直到記者會前最後一小時，才火速完成異動部會的徵詢；八部有五部異動，國防、外交、教育、內政、經濟都換人，其中還有不少大黑馬，特別的是，這次新內閣名單，原民會主委由女換男，讓內閣女性比例跌破2成，原本舊內閣有博士內閣稱號，這次新名單也讓博士人數，少了2位。
準行政院長吳敦義(98.9.9)：「讓各位等了，從3樓下來，還慢了3分鐘，對不起。」
週二晚間10點03分，吳內閣名單正式公佈；傳統八部有五部換人做做看，內政部由研考會主委江宜樺接掌，外交部是大黑馬，駐印尼代表楊進添接任；新任國防部長則一如外界預料，是退輔會主委高華柱；教育部長由台北市副市長吳清基擔任，經濟部則是前次長施顏祥回鍋部長。
外交、國防、人事，本來就是總統職權，內政部跟教育部，又是前馬市府團隊大將，新內閣名單，馬總統著力甚深。
吳敦義(98.9.9)：「原先我極力希望能夠挽留，原任的內政部廖了以部長，江部長其實對行政院各部會的業務，都相當熟悉。」
異動部會還包括，退輔會主委由戰略顧問曾金陵接任，人事行政局長由關中推薦的考試委員吳泰成出線，原民會主委則是以推動原民文化著稱的孫大川擔任。
特別的是，新舊內閣相比，女閣員少了1人，女性比例跌破2成，原本的博士內閣，也從24名博士減少2位，新任副閣揆朱立倫，更是民國38年政府遷台以來，最年輕的副閣揆，打破紀錄；雖然內閣名單敲定，才短短2天時間，但馬系掌重要部會，著眼的是精準掌握總統意志。
