行政院長劉兆玄閃電宣布總辭，外界猜測這是因為馬劉關係惡化，總統府發言人王郁琦出面表示是子虛烏有，兩人除了公務外，其實還是很好的朋友；另外，9月6日晚上，馬劉會面，有媒體解讀為是最後一次挽留劉兆玄，但其實是馬總統感謝劉兆玄這一段時間的辛勞。
總統府發言人王郁琦：「能讓內閣團隊盡心去做，不要打擊內閣團隊的士氣，所以他們兩人(馬英九、劉兆玄)之間的默契與共識，一直沒有對外說明。
上星期，劉院長在北返中跟總統表示，他認為救災工作已經結束，災民安置跟重建工作已經告一階段，他認為9月7日是很好時機點，宣佈內閣總辭。
總統了解後也表示，可能找吳敦義秘書長來接掌行政院長職務，在9月4日正式向吳秘書長提出邀約，9月5日向朱立倫縣長提出行政副院長，當然也是跟吳敦義商量過，在雙方達到共識下，邀請朱縣長來擔任行政院副閣揆。
至於9月6日星期天晚上，總統到劉院長寓所，有部分媒體解讀為總統最後一次挽留，劉院長堅持提出辭呈，這是錯誤報導，其實9月6日晚上，到劉院長的寓所，其實是為了感謝劉院長過去這一段時間的辛勞。
而媒體還寫，劉院長母親向總統說『請成全兆玄吧』，這也完全是子虛烏有的！事實上劉院長的母親，在總統親臨寓所時，只說了『總統好』3個字。
如果媒體有些捕風捉影，報導對於大局沒有太大影響，其實我們也不需要特地去回應，但今天看到有些媒體在馬劉關係上，進行與事實有相當差距的報導，事實上我們就有責任，把事情說清楚。
總統跟劉院長間，不但過去在公務上兩人其實合作無間，默契非常好，除了公務外，其實還是私底下非常好的朋友，有非常好的私誼，在這次總辭的過程中，兩人對整個程序，是有相當共識，在兩人有共識下執行的。
有媒體報導，星期一下午4點劉院長舉行記者會後，才半個鐘頭總統府就馬上宣布新任人選，好像情何以堪，但事實上那天的程序是總統跟劉院長共同商定的，所以整個程序，劉院長有充分了解。
但為什麼這麼快召開記者會，因為媒體有太多子虛烏有的消息，所以要在最短時間內，提出新閣揆人選名單，一方面避免不實謠言在運作和醞釀，這些做法事前劉院長有充分了解，也是在雙方都同意下，所進行的程序。
還有媒體報導，劉院長曾釋放出內閣改組比小幅大一點這種說法，這部份不便替劉院長回應，不過就側面了解，其實是鼓舞團隊士氣的一種說法，事實上，總統跟劉院長倆人在8月中旬，對劉院長要負起政治責任這件事，雙方有相當共識。」
