彰化縣衛生單位積極揪出無症狀確診者，卻因不符合中央篩檢作業程序，陳時中下令政風單位展開調查，指揮中心大動作引發社會譁然。對此，前國健署長邱淑媞在《新聞大白話》表示「此事不只是醫界反彈，而且已經造成很大的寒蟬效應，陳時中絕對知道對公務員來講『什麼叫做政風調查』，一個公務員被啟動政風調查，就表示你有貪瀆、違反風紀的行為，沒有具體事證就在記者會上大聲宣布，這對醫界、衛生界產生很大的恐慌，這一個宣布不只是名譽受損，帶風向的網軍也已經出動，把清白的抹成黑水，地方衛生局是中央防疫的手跟腳，你竟然拿起刀槍對準手腳，這就叫『苦幹實幹抹黑查辦』，基層壓力真的很大，你沒體恤他們的努力，一不高興反過來打他們，大家真的嚇壞了」。
另外，彰化縣國民黨立委謝衣鳳指出「政風主管機關是法務部廉能署，指揮中心卻要求政風以中央、地方一條鞭調查彰化縣衛生局，體制上很不合理，陳時中其實毋須啟動政風調查，一般行政調查就可以了解情況，這個動作重挫了第一線基層的士氣，從疫情開始，第一線人員都很謹慎、持續地努力卻遭受這樣的對待，今天我走訪基層，很多公務員都滿腹委屈，陳時中才說過『不希望迷失在零確診中』，但對於國內無症狀的社區感染源，我們不是更應該審慎評估嗎」。
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