敦睦艦隊27人確診新冠肺炎，引發國內最大宗群聚感染，尤其染役官兵足跡遍布全台90多點，中央卻一再改口不承認錯誤，引發民眾怒火，質疑就是因為指揮中心未將層級提升至一級開設，才會導致各單位不配合，造成防疫破口。對此，陳時中今(21)日也在記者會上回應原因，並搞笑稱：「這樣說好像大家都不喜歡我這個指揮官！」
國內爆發最大宗群聚感染，但今天國防部卻未派人出席記者會，引發外界質疑，是因為指揮中心沒有一級開設，各部會才沒有遵循指揮中心指令。對此，陳時中開玩笑回應：「這樣說好像大家都不喜歡我這個指揮官！」接著坦言這次他確實沒有掌握到艦隊的防疫工作，但針對外界的質疑，他則稱「其實政府單位溝通非常好，只是每個單位都有自己不同的文化需要磨合，有些東西不是用命令就能改變。」
至於是否開放全民普篩？陳時中則表示還需要與專家討論，「因為在社區裡面沒有，假設船上的人都是乾淨的，在封閉環境中並不會突然生出病毒，就像先前做的蒼蠅實驗，沒有來源的話，不會生出相關的細菌，會依據各種證據隨時做政策改變。」
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