退輔會主委邱國正即將接任國安局長，但他表示深知總統府侍衛室跟國安局之間的複雜關係，因為國安局訓練了特勤人員，分配到警衛室之後，全權交給府方管理，但府侍衛長以及永和警衛室主任都是軍職，有時候無法駕馭來自不同背景的下屬，因而造成管理上的麻煩，從而衍生出長年的走私陋習。
準國安局長邱國正：「這個昨天我有發覺這個問題，平常沒有人在管它(總統府侍衛室)，沒有人指揮得動它，這個責任我們不便做干預，但這個觀念反而造成了，它變成獨立在那邊運作。」
簡單來說，總統身邊的特勤人員，來自四大單位，總統府侍衛室，國安局特勤中心，憲兵警衛以及保六警官隊保護總統為核心，內衛職權交給府侍衛室，中衛區域交給其他特勤中心人員。
以5月份總統前導重機摔向民眾為例，下車的隨扈沒有上前關心，只瞄了一眼就轉身走開，SOP步驟奔向總統，翻開國安局與府方關係，可說是更為複雜，特勤中心直屬國安局，指揮官是國安局長，2位副指揮官中將層級，其中一職由總統府侍衛長兼任，執勤之外專責訓練人員，但特勤弟兄被外派到警衛單位後，卻從此聽命府方，更扯的是總統府侍衛長以及永和警衛室主任，都是將級軍職擔任，但下屬來源卻來自四方八面，常任文官警職軍職都有，增加管理難度。
軍事專家吳明杰：「侍衛長跟國安局長，2個首長可能都是軍方出身的，如果你沒有用心去了解，特勤的任務，可能會造成一些漏洞。」
特勤人員背景錯綜複雜，多頭馬車整頓特勤難上加難，連帶關係也衍生出長年的走私陋習。
軍事專家吳明杰：「這樣模式的建立，比較可能是一個，中高層級階層的軍官，包含譬如說少將主任，或是上校的參謀，那樣長官才有辦法叫得動華航，讓維安計畫能夠配合。」
專家提議如果真的要整頓，未來也許可以仿效美國密情局，特勤維安一條鞭，也減少矛盾漏洞。
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