九合一大選民進黨慘敗後，中選會主委陳英鈐第一個丟官，隨後農委會主委講出「吳音寧階段性任務已完成」話語，外界視為她即將卸任，但吳音寧堅持不低頭。北農29日下午召開董事會，通過吳音寧解職案，即日起生效，目前總經理職務將由主秘路全利暫代。
韓國瑜之前任北農擔任總經理時，在民進黨議員與立委持續攻擊下意外打開知名度，直接造成後來的「韓流」，旋風橫掃南台灣，成功奪下綠營執政數十年的高雄市長寶座，網路上隨即流傳一張「搶了菜攤、丟了江山」的諷刺貼圖，配上吳音寧與蔡英文照片，讓民進黨極為難堪。
吳音寧上任後，不少人都把她跟韓國瑜各種作法、成績相比，選前更有人拱吳音寧出線；而她堅持不願前往北市議會備詢，更讓柯文哲頭痛不已，因此與北市府產生心結。
農委會主委林聰賢在28日對外表示，吳音寧的階段性任務已完成，外界解讀為她即將卸任或「被卸任」，但吳音寧則堅持不低頭，當下表示「不回應相關問題」，過去一直力挺吳音寧的農委會副主委陳吉仲對此也不表示意見。
29日上午吳音寧受訪表示，她絕對不向謊言低頭，尤其不向強勢謊言低頭，且三度強調她的人事案完全不重要，全都交給董事會決定。但她也解釋，當初接任總經理時，韓國瑜已經離職幾個月，她才被徵詢上任，是由農委會與北市府共同決議，不應該把一些莫須有的標籤往她身上貼，更不要因此去攻擊陳吉仲或是蔡英文。
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