以核養綠及反核食公投案都通過，其中返日本核食以779萬票壓倒性勝利，日本在台協會表示相當遺憾，會持續溝通，而本來綠營推動2025無核家園，現在跟公投以核養綠強碰，行政院發言人回應，公投案並沒辦法強制，現任核電廠延役或核四商轉，但以核養綠公投發起人痛批執政黨要跟主流民意作對，不排除發動二次公投，而且要綁定2020年總統大選。
以核養綠公投案，以將近590萬的同意票數通過，但行政院卻表示，要維持2025年的非核家園目標，核能流言終結者說，會檢驗執政黨是否要跟主流民意作對，不排除發動以核養綠二部曲，並且推動核廢遷出蘭嶼公投，綁定2020年總統大選，恐衝擊選情。
行政院發言人KOLAS YOTAKA：「其實這一個公投案，並沒有強制力要求，政府一定要讓，核一、核二、核三廠要延役，並且核四要商轉。」
行政院表示以核養綠公投，是要求廢除電業法第95條第1項依公投法規定，從公告第3天開始起，法律條文將失效，但針對核一、核二延役，必須在退役前5到10年申請，核三延役則是要在108年之前提出申請，還得要評估4到5年，因此時間根本來不及，另外的核四商轉，評估還要6到7年，屆時已經2025年，已經達成非核家園，沒有商轉必要，等於公投沒有實質法律效力。
記者楊雅琳：「除了第16案的以核養綠公投通過之外，由國民黨發起的反核食公投，其實也以779萬票，壓倒性獲勝，這是否代表行政院，未來將指示，日本核食將全面禁止進入台灣呢？」
行政院回應，將請衛福部依照公投法規定，在維持食品安全下，繼續針對日本食品進行查驗，讓民眾吃得安心，發起公投的國民黨說，反核食公投結果，可以讓執政黨，在跟日本政府談判時，當作靠山持續不進口核食，但日本駐台協會也發出聲明，表示相當遺憾，會繼續致力讓台灣朋友，理解日本食品的安全性。
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