國民黨提名的黃俊英，最後關頭請來黨主席馬英九大力加持，但是仍舊不敵府院黨密集南下的效果。黃俊英敗選，是馬英九上任黨主席以來最大的選戰挫敗，學者認為，這樣的結果對馬英九而言，是他想挑戰2008總統大選的警訊。
最後關頭，馬英九幾乎是帶著輔選團隊住在高雄，但馬英九跑得如此賣力，還是搶不回民進黨執政8年的高雄市，馬英九光環真的改變不了南台灣，綠大於藍的基本態勢嗎？台北大學教授江岷欽：「阿扁打出了中國牌，打出了愛台灣牌，在2008年馬英九面臨，第一個最嚴重的關卡，不是他的操守問題，不是，而是族群跟省籍。」
淡江大學教授施正鋒：「馬主席到南部去的時候，其實黃俊英有擔心是說，會有紅衫軍的效應。」
高雄市長選戰，黃俊英陣營強打馬英九牌，企圖用馬英九光環光復高雄，只是特別費風暴延燒，讓馬英九滿意度創下新低，間接也影響了黃俊英的聲勢，不過對馬英九更大的考驗，是他不沾鍋性格。
淡江大學教授施正鋒：「地方派系糾纏那利益勾結，等等糾纏不清，當然我們不希望他捲入，馬沒辦法整合沒辦法去釐清，我看他很難(領導)。」
台北大學教授江岷欽：「在高雄在地的勢力，從這個競選經費，到人員調配等等，其實你可以看得出，確實是雜亂無章，馬在南部他需要，更長時間去『搏感情』。」
除了還沒有偵結的特別費，馬英九也嚐到輔選以來的第一次挫敗，其實最後關頭，綠營天王傾全力南下拉抬陳菊，府院黨也全力動員，加上愛河牽手營造出氣勢，讓單靠馬英九的黃俊英，仍舊無法拿回執政權。只是馬英九這一仗，不只輸掉高雄市，影響的更他是2008的總統路。
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