陳前總統人在看守所，卻特別留意選舉脈動，他爆料說，外傳要接任民進黨秘書長的吳乃仁，其實在金錢上大有問題，不但跟郭詮慶有金錢往來，還曾經由辜仲瑩幫他理財，擔心如果吳乃仁真的當秘書長操盤選舉，卻在過程中被法辦，那民進黨選舉就完了；對陳前總統的爆料，吳乃仁低調，只說謝謝關心。
傳出吳乃仁要接任民進黨秘書長時，曾經引起黨內一波反彈，連陳前總統也有意見！民進黨台北市黨部主委黃慶林：「盡量不要讓有案在身的人，擔任中央黨部的秘書長，在年底選戰的時候，如果他的案子暴露出來，對民進黨的選戰會有相當的影響。」
陳水扁指出，吳乃仁跟力拓公司負責人郭銓慶有金錢往來，在擔任台糖董事長任內，還有辜仲瑩幫忙理財，擔心如果吳乃仁出任秘書長，將來被法辦，民進黨的選舉可能會崩盤。
國民黨立委邱毅：「陳水扁倒是人在牢中其言也善，吳乃仁跟財團之間的關係，好得不得了，當時吳乃仁有沒有介入花蓮中小企銀，有沒有介入花企事件，有沒有涉入太平洋證券，吳乃仁有沒有涉入禿鷹案，查到現在也沒有什麼結果啊。」
民進黨立委蔡煌瑯：「任何引起黨內不團結，都會在未來民進黨的黨史上，成為黨史的罪人，所以我們希望黨內各位同志們，包容、承讓。」
陳水扁自己有案在身，頻頻痛批黨中央不該跟他切割，現在卻要民進黨跟他口中，可能在金錢上有問題的吳乃仁劃清界限，這樣的雙重標準，實在讓人猜不透。
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