投票日出現插曲，有人領到公投票，卻發現已經被蓋章了，其中一例發生在台北永安國小，是第14案公投被蓋章，另一件發生在彰化是第16案被偷蓋，而選務人員說，一旦發現選票被蓋章，一律作廢。
選舉日投票所，擠了滿滿人潮，不過有人領到公投票，準備要進投票亭，卻發現怎麼已經被蓋章了。
有人在臉書PO文，說拿到公投票要先檢查一下，有沒有被蓋章，否則進到投票亭才發現，有理都說不清，事情就發生在台北中山區永安國小，有人拿到已經完蓋的第14案公投票，還有目擊者看見整個事發經過。
目擊者：「我不太確定是第幾案，大概是10幾案的部分，在不同意那一格，已經被蓋了紅色的，然後當時他就直接向選務人員反映，那選務人員也收走那一份有問題的，之後給他一份全新空白的，那選務人員之後就把那一份，拿去旁邊保留。」
不只單一個案，彰化也發生類似事件，黃先生在進入投票亭，蓋到最後一張的時候，發現第16項公投案已經被偷蓋了。
當事人黃先生：「我沒有去特別檢查因為有10張，可能很多人也跟我一樣，但是蓋到最後一張的時候，發現有被蓋到章，而且是已經在票亭裡面了，所以我當下除了確認，我自己沒有蓋錯之外，其實我是很錯愕，因為我沒有辦法去跟選務人員說。」
839投開票所主任管理員程士珍：「我有拿給那位先生看，我們有做了突發事件的紀錄表了，但是為什麼我們其實也不知道，但是當他的面，我們全部都把它放到作廢箱，剛才我們已經也回報了作廢中心。」
公投選票被偷蓋，只要民眾在進票亭前反映，一律作廢，但進了投票亭可無法換票，自己的權益被別人給作主，實在是有夠誇張。
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