佛光山成立了39年，今年10月初被國稅局查帳，這也是有史以來頭一遭，巧合的是，查帳的時機就在星雲法師，投書表達「總統如果能主動辭職，也算清高」的言論之後，時機太敏感，遭外界質疑，根本是政治打壓宗教。
南區國稅局查帳的公文，要求捐款人提供相關帳簿，和轉帳收付證明，收件地點就是佛光山 發文的時間，10月19日。星雲法師(2006.9.9)：「下台就下台嘛，已經做了6年總統，就不要那麼執著。」
9月9日星雲法師投書媒體，寫了7百多字表達倒扁看法，事隔1個月，國稅局發公文要查帳。南區國稅局長朱正雄：「這個要聯想我也沒有辦法，因為這是電腦選的東西嘛。」
記者：「你們如果真的要查，師父的錢在哪裡你知道嗎？」佛光山法師：「在所有佛光山裡，師父只要收到版稅，他就捐給大學，捐給佛光大學捐給哪裡。」
查帳事件曝光，佛光山法師很低調，但根據了解，當初就是佛光山內部，透露出來的消息，因為國稅局查稅時機實在太敏感，而且動作很大，不但要求佛光山總部帳冊，統統抱到國稅局，連捐款人也都一一清查，罕見的針對宗教團體大規模查帳，實在很難杜絕外界過度的聯想。
